由於有了“九二共識”，才有1993年的“辜汪會談”，也才有相關事務性協議的簽署。
當李登輝在國民黨內權力已經鞏固時，他開始遂行其個人的政治信仰。他一方面開始拆解“國統綱領”的統一目標，一方面運用台灣本土意識鞏固其威望，進一步支解國民黨的立國精神與憲法。
首先是對“一個中國”的定義重新詮釋。1994年行政院大陸委員會公佈的《台海兩岸關係說明書》，是李登輝任內首份，也是唯一的一份大陸政策白反書。這份由當時的主委，日後的台聯主席黃昆輝所公佈的白皮書，不再依據“九二共識”的原意，而是將“一個中國”定義為“歷史、地理、文化、血緣”上的中國。“一個中國”從此從政治法律意涵上的中國，轉變為民族概念的中國。
1999年李登輝在接見德國記者時說得更清楚了，兩岸是一種“特殊的國與國”關係。在李登輝的定義中，所謂“特殊”是指兩岸有共同的民族血緣。從法律與政治關係上來說，兩岸已經是相互獨立的主權國家了。
李登輝有他的限制，也有他的謀略。他的限制在於他是國民黨的主席，也是國民黨籍的“總統”，因此他無法一下拋棄國民黨的原則，只是用蠶食的方式將中國國民黨演變為“台灣國民黨”。他深深瞭解到，“台獨”不僅不容於國際社會，連國民黨內部都會有不同的反對意見，因此，他準備從“獨台”著手。
（二）建構“獨台”的憲政基礎
1994年尋求加入聯合國的策略，其實就是“獨台”論的第一個大動作。眾人均知，在北京不同意下，“重返聯合國”幾乎不可能成功。但是對於李登輝而言，他要的不是“重返聯合國”的成功，而是必然會激起北京打壓的氛圍，進而讓台灣人民對北京反感，也讓國民黨內那些所謂的“非主流派”必須選擇一起譴責中共。“重返聯合國”或以後的“參與聯合國”、“加入聯合國”，不論名目為何，其結果都是使得“中華民國”與中華人民共和國站上了對立面。另一方面透過各項活動場合，不停地明示或暗示，一個會打壓台灣的國際活動空間的政府自然是個敵對或不友善的政府，台灣為何要與它統一，“戒急用忍”與大陸保持距離，自然也就成為應有的立場。
在台灣，原本憲法的規定，“總統”要經過國民大會的委任選舉產生。在1994年7月召開的國民大會會議中，決定自下屆（第九任總統）開始，實施正副“總統”直接選舉。當時的表面的理由是符合直接民主的潮流，但是背後的意涵卻是徹底與中國大陸的割裂。從國民大會的委任直選改為人民的直接選舉，等於在提問人民：未來的“總統”既然是由台灣地區人民直接民選決定，“中華民國”與中國大陸還有甚麼樣的法理關係？
李登輝在其任內，進行了六次的修憲。將原有憲法的精神破壞殆盡，依照憲法大師胡佛的說法，台灣的憲法已成為了一部“漂浮的憲法”，西元2001年，在李登輝卸任以後的那一年，做為藍營思想大本營的《聯合報》為慶祝其五十週年社慶，所出版的十年社論回顧選集名稱為《漂流的台灣》，記述在李登輝執政期間，台灣如何走向不知未來的“漂流”十年。
在歷史教育上，李登輝開始推動其“同心圓史觀”的歷史教育，“中華民國”的歷史開始被切割。在談論“中華民國”時，已經不是從堯舜禹湯文武周公開始，而是從原住民、荷蘭、明鄭、清、日本到國民政府來台，“中華民國”已經放在台灣，而非中國的歷史脈絡來界定。嚴格來說，李登輝在歷史教育上已經切割“中華民國”與中國的關係，進行了“獨台”的歷史思想教育。
李登輝在位的十二年，國民黨雖然執政，但是他的領導人卻執行的是“獨台”教育，黨內有少數菁英出走，但是由於出走的菁英是以支持“統一”來對照李登輝可能的“台獨”路線為由，可是李登輝走的並不是“台獨”，而是“獨台”，因此，這些出走者的論述並沒有辦法真正的挑戰李登輝。再加上當時的民進黨是以“台獨”為訴求，在反對“台獨”這個前提下，無論是國民黨內部，或是北京，都以打擊“台獨”為主要目標，而沒有注意到，“獨台”在“台獨”的掩護下，逐漸茁壯而成為主流。
（三）民眾不瞭解“獨台”的內涵
簡單地說，當時台灣內部有三種思想主流：一是爭取台灣主體地位與獨立建國的“台獨”論述；二是“維持現狀”，其中更多的主張“永遠維持現狀”；三是堅持“中華民國”憲法，以統一為最終目標的“統一”論述。在這三種論述中，“維持現狀”變成了既“不獨”也“不統”的中間選項。但是“維持現狀”到底是個甚麼樣的兩岸定位呢？一般民眾根本說不清楚。
李登輝在其即將卸任時，不再隱藏其意圖，1999年明白地指出“兩岸是特殊國與國關係”的兩岸定位時，台灣民眾有七成以上支持這樣的定位。一般民眾沒有接受過國際法與憲法的訓練，根本無法分辨“國家”、“主權”與“政府”、“治權”的不同之處在哪裡？他們簡單的認為，“中華民國”當然是一個國家，中華人民共和國也是一個國家，兩岸不是特殊國與國或兩國的關係，又會是甚麼？他們認為一個是“中華民國”，一個是中華人民共和國，兩岸不要統，台灣不要獨，這不就是現狀嗎？
在台灣很少人會否認“中華民國”是個國家，絕大多數認為“中華民國”當然有自己的主權。但是，他們並不能夠瞭解，對於一般國家，“主權國家”自然是指“主權獨立的國家”。但是在兩岸問題上，我們可以說，“中華民國是個主權國家”，“主權涵蓋全中國”，即使國際間不承認，但是這是“中華民國”自己憲法的宣示，只要大陸不要求公開更正，國際上也不會刻意杯葛這種主張。可是如果說“中華民國是個主權獨立的國家”，那麼問題馬上來了，“主權獨立”於誰？如果“主權獨立”於大陸，那就變成了“獨台”，如果不是“主權獨立”於大陸，為何要這樣說？
說實在的，一般人根本分不清楚其中的差別，這也給了“獨台”滋長的溫床。
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