（六）在國際組織共同出現
參與國際組織，尋求國際活動空間，一直是台灣近年來的朝野政黨與人民的期望，第五條“兩岸同意，雙方在國際組織中彼此合作，雙方在國際組織的共同出現（presence）並不意涵整個中國的分裂，並有責任共同維護中華民族的整體利益”是針對台灣需要而規定。
對於中國大陸而言，一方面瞭解台灣人民希望參與國際組織的期望，但是另一方面，又擔心，如果台灣參與類似“世界衛生組織”（WHO）等由國家參與的國際組織，等於讓台北政府同時發展出與其他會員國的正式外交關係，並造成兩個政府同時存在於國際組織的現象，因此，迄今仍不同意台北政府成為這類組織的正式會員。
對於北京政府而言，最好的方法是台灣加入中國大陸在國際組織中的代表團，但這是台灣方面目前所不可能同意的。讓台北政府以“Chinese Taipei”（中華台北）成為“觀察員”或許是大陸最可能的讓步，但是由於台灣社會目前選舉頻繁，“中華台北”將會被輕易解釋成為是“中華人民共和國台北”的簡稱、“中國台北”的同義詞或“中國人台北”。另外，“觀察員”地位並不會被視為中共對台的友善表示，而被看成中共的統戰行為。因此，如何讓台北政府在國際組織能夠有正式的會員資格而又不會造成兩岸永久分裂的事實，是在國際組織中相對台灣為強勢的中國大陸所必須思考的問題。
經由《兩岸和平合作基礎協定》的簽署，確定了兩岸同屬整個中國，因此，兩岸共同以會員國身份存在於國際組織並不會造成兩岸為“外國”的法律結果。
另一個可以在政治與法律上確保兩岸的共同參與國際組織，但是又不會造成兩岸分裂的方法，即以“兩岸三席”的方式為之。例如在“世界衛生組織”的參與上，容許台灣以“台北中國”（Taipei China）名義參與，而台灣也同意兩岸共組一“兩岸共同體”或“中華共同體”代表團做為兩岸參與的第三席。第三席的功能在於協商或規範兩岸在國際組織內部的立場，共同維護中華民族的整體利益，而其存在的意義，等於向全世界宣示兩岸共同在國際組織中出現，並不意涵整個中國的分裂。
（七）互設常設代表處
第七條規定“兩岸同意互設常設代表處”。使用常設代表處，而非大使館，其意為兩岸並非一般國與國的關係，而是“整個中國”的“內部關係”。“設置代表處之有關實際問題，將另行補充規定”，表示兩岸未來常設代表關係的建立並不是依據《維也納外交關係公約》，而是建立在雙方的約定，未來代表處所享有的特權與豁免等有關規定，也不是來自於《維也納外交關係公約》，而是彼此的共識。
（八）批准方式
協定最後稱“本協定約須經批准，並自交換有關照會之日後生效”，為大多數國際條約或協定的有關規定。至於批准的方式，兩岸各依照自己的憲政程式完成批准。
|
