第二，此次研討會固然有很多的共識，但是我們也不回避分歧。這些分歧對於兩岸今後達成推進軍事安全互信機制有正面的建設性意義。在分歧當中，有幾點值得重視：一個是立信與止戈的關係，二是軍事互信機制目前尚未達成的責任；三是對台軍事關係與軍售的問題；四是兩岸和解與統一的方式，以及不能回避的外國勢力的干預問題。大家認為，對於這些分歧，兩岸雙方應該本著求同存異、務實合作的態度，從維護中華民族整體利益的角度，去加以逐步的化解。
第三，大家就建立兩岸軍事安全互信機制，提出了許多創造性的意見和建議，比如，兩岸軍事安全互信機制，應否包含更廣泛的非軍事安全互信措施，以及要建立具有特色的軍事安全互信機制，怎麼樣跟中國古代的文化以及目前兩岸關係的發展都息息相關，這些遠見卓識，可以為建立兩岸軍事安全互信機制，提供更廣闊的思路和前景。
第四，建立軍事安全互信機制，符合雙方利益，為兩岸民眾所期盼，更是兩岸在大力推動過程當中一種哲學文化的思考。辛旗強調，中華文化是兩岸之間戰略互動或對抗的一個最好的范疇，同時，中華文化又是兩岸之間解決一系列問題最終的精神紐帶，為問題的的解決提供潤滑濟和緩沖地帶。
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