（四）兩岸海域油氣共同探勘與開發
首次“江陳會談”之前，陸委會曾授權海基會商談“兩岸海域油氣共同合作探勘”議題，而江丙坤董事長在2008年6月與陳雲林會長的商談時，也提出下階段議題應優先商談此議題。兩岸兩會雖然未正式就此議題進行商談，但是台灣的中油公司與大陸的中海油公司，早已經簽訂“台潮石油合約（台南盆地與潮汕凹陷）”，以成立合資公司的方式進行海上油氣探勘，根據台灣國安會的規劃，兩岸協商的議題中，“南海、東海及海外油氣資源開發都將是合作重點”。
較為敏感的是東海與南海的油氣開發，其中涉及到與其他國家之間的海域歸屬問題，在馬英九的“藍海戰略”政見中，對此有基本的政策主張，即“開放南海，共同開發，促進亞太區域安定”，其內容為“確立‘主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發’原則，對於東沙和南海各項資源與周邊國家之發展趨勢，應加強研究調查，同時適度開放南海，於東沙島建立‘南海生態保育與人文資產國際研究中心’。於太平島、中洲礁與國際保育組織合作建立‘南海和平公園’，加強國際合作與良性互動，保護生態和人文資產，以促進區域人民的共同福祉”。
馬英九對於釣魚台列嶼的法律歸屬問題頗有研究，因此，有關周邊海域的海洋政策，其“主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發”與大陸自鄧小平時代確立的南海政策“主權歸我、擱置爭議、共同開發”相當類似，台灣與大陸在此能源短缺之際，從油氣開採的議題開始展開合作，或許可能在領海主權的聲索上達成共同行動，但另一方面，兩岸的“擱置爭議、共同開發”主張的對象是其他周邊國家，兩岸的共同合作是否會引起周邊國家諸如日本、菲律賓與越南的緊張，尤其是在中國大陸快速崛起的過程中，台灣與周邊國家的互動就成為避免因兩岸關係改善而遭周邊國家邊陲化而加以考量。當然，此又涉及美國因素。
（五）兩岸共同參與國際海洋組織與在全球性海洋議題的合作
馬英九的海洋政策中，明確主張應“培養涉外事務人才，積極參與國際組織”，“為爭取台灣在亞太地區及國際上的權益，我們必須加強參與海洋相關國際組織，培育涉外事務人才，鼓勵國際學術交流，主辦國際會議和參與國際研發合作，以汲取國外經驗，並爭取和維護我國海洋相關權益”。對應“胡六點”第五點主張，“兩岸在涉外事務中避免不必要的內耗。台灣參與國際組織活動問題，在不造成兩個中國、一中一台的前提下，可通過兩岸務實協商，做出合情合理的安排”。顯示台灣也考慮與航運權益有關的“國際海事組織”（International Maritime Organization,IMO）納入台灣爭取國際活動的兩岸議題中。
此外，“江陳會談”曾提到“推動兩岸氣候變遷和氣象研究的交流與合作”，此相關議題亦與馬英九所主張的“順應氣候變化，預防海洋與海岸災害”，即“對於氣候變化可能產生之衝擊，應加強研究和國際交流，並整合海陸空偵防能力，研擬順應氣候變遷和因應海洋災害之體系，以減少民眾和自然資源之損失”相互呼應。顯示由於海洋相連、地域相近，台灣在許多因應海洋環境保護的議題上，與大陸具有共同的利益，而大陸近年來發生的赤潮等海洋污染，對台灣亦有所影響。兩岸實有必要將全球性的海洋議題納入雙邊共同協商的事項之中，開展相關的海洋事務合作機制。
綜上所述，兩岸在合作解決海洋污染、建立海域執法與救難通報系統、管理海洋漁業資源等具體的、對互相有利的、不涉及爭議敏感的事務領域中，可以優先嘗試建立合作機制，一方面可以有效解決迫切的問題，另一方面可累積雙方海洋事務相關部門的交流與信任關係，以做為解決難度更大的海洋議題的基礎。
結論：尋找兩岸海洋事務合作重要的突破口
無論如何，雖然兩岸民間討論合作的領域已超過10年，但若無法在台北堅持的“正視中華民國”方面取得某種確認，似乎仍將難以成為兩岸公權力在南海和東海明確的可行性實踐，換言之，台北僅能表達合作的意向等待北京的善意。兩岸政府應思考台灣大學政治系張亞中教授倡議的“一中三憲”作為兩岸在海洋事務合作的可能性基礎，尤其以南海合作為起點。
（一）兩岸在南海斷續線的合作與挑戰
中國大陸在應對菲律賓仲裁案時亟需台灣的支持，因為台灣對南海U型線的法理定位擁有大量的資料也做出了巨大的努力，雖然這些努力不完全是有利於兩岸的聲索，但卻非常的重要。據悉，越南的國家主席2012年在海參崴參加亞太經合會峰會時曾問中國國家主席胡錦濤：“中國據有南海主權的依據為何？”胡錦濤表示，“因為中國政府在1947年劃了U型線”。“那證據在哪裡？”胡主席回答說：“都在台灣手上”。所以，其實兩岸都有這方面的思考。中國國家海洋局和中華民國內政部地政司已經透過學者之間不斷在交換一些意見，而不是由兩岸官方直接接觸。
2014年2月14日，中國外交部長王毅與美國國務卿凱瑞（John Kerry）會談時，闡述了中方對當前南海局勢的基本看法和政策主張。首先，南海局勢總體是穩定的，中國有能力也有信心與東協國家繼續共同維護好這一地區的和平。第二，南海航行自由與安全過去、現在和將來都不存在問題，各國都享有在南海自由航行的合法權利。第三，中國與東協國家正在全面有效落實《南海各方行為宣言》，加強海上務實合作，並在此基礎上順利推進“南海行為準則”的商談進程。第四，中國對南海諸島及其附近海域的主權有著充分歷史和法理依據，目前存在的爭議是1970年代以來一些國家非法侵佔中國南沙群島部分島礁而產生的。儘管如此，中方仍一貫致力於通過與直接有關的當事國談判協商，以和平方式解決有關爭議。
雖然王毅某種程度迴避了九段線，但誠如台灣海洋大學高聖惕教授所提出的問題，“兩岸政府（中華民國、中華人民共和國）在南海的歷史性權利主張的證據、主張的初始時間”、“兩岸政府（中華民國、中華人民共和國）將U形線作為領土聲索的證據、初始時間”、“兩岸政府（中華民國、中華人民共和國）在南海的海域主張，若以島嶼為基礎的證據、起始時間”、“中華民國政府對於U形線從「領土主張”、“海域主張”，到“歷史性權利主張”之演變、證據」、“中華人民共和國是否繼承中華民國政府的南海聲索、是否接納中華民國的南海海域權利主張”，此等問題環環相扣，成為兩岸在南海聲索的重要依據。
根據大陸表達的觀點，中華人民共和國成立後，透過“一種新的歷史類型的國家繼承”，新中國“繼承”了民國時期中國對南海11條斷續國界線所表達的權利主張。它包括兩部分：一部分是南海諸島的主權；另一部分是海域資源開發和管轄權，即漁事權利。這兩部分權利主張，一是透過公開出版的地圖圖式（11條斷續國界線）來向國際社會和周邊國家表達。諸如1949年11月，地圖出版工作者就在1948年2月原民國政府出版《中華民國行政區域圖》的基礎上，經過修改，出版了新中國第一張大掛圖《中華人民共和國大地圖》，這張圖上的《南海諸島圖》就標有11段斷續國界線。
二是透過“中央人民政府”聲明來表達。諸如1951年8月15日，中華人民共和國外長周恩來在《關於美英對日和約及三藩市會議的聲明》中指出，“實際上，西沙群島和南威島正如整個南沙群島及中沙群島、東沙群島一樣，向為中國領土，在日本帝國主義發動侵略戰爭時雖曾一度淪陷，但日本投降後已為當時中國政府全部接收。中華人民共和國中央人民政府於此聲明：中華人民共和國在南威島、西沙群島之不可侵犯的主權，不論美英對日和約草案是否規定及如何規定，均不受任何影響。”此乃中華人民共和國政府第一次就西沙和南沙群島的主權歸屬問題發表外交聲明，也是對南海11段斷續國界線內島礁和海域權利主張的第一次公開闡述。1953年，中國無償支援越南民主共和國人民軍抗擊法國殖民者侵略戰爭，出於支援越南人民正義戰爭的需要，經周恩來批准，在重新審訂的中國地圖底圖上，去掉了北部灣的2段斷續國界線。
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