2000年，為解決額濟納綠洲生態等問題，國家緊急啟動黑河幹流水量跨省區統一調度工作。黑河流域水量統一調配以來，額濟納綠洲水源涵養能力逐步提高，沙塵暴發生次數已由治理前的年均5.85次減少到3.5次。
自2004年開始，東居延海實現連續8年不幹涸，水域面積在40平方公里左右，黑河尾閭特有的大頭魚重新出現，絕跡多年的白天鵝、灰雁、黃鴨等野生鳥類成群栖息。
在內蒙古東部，隨著近年來的區域降雨量增加，枯水周期結束，呼倫湖的水位及面積開始有所恢復。到2014年，面積恢復到約1980平方公里左右，庫容水量增加到80多億立方米。內蒙古自治區和呼倫貝爾市兩級黨委政府也打出“組合拳”，從管理規範、綜合治理、體制建設等方面入手，成立了呼倫湖國家級自然保護區管理局，全面升級生態保護措施。
方精雲院士團隊呼籲，國家及地方政府應出台相關政策，長遠規劃和謹慎使用內蒙古及我國北方地區的地下礦產資源和水資源，確保該地區的可持續發展。
統計數據顯示，全國面積大於10平方公里的湖泊已有200多個萎縮；全國因圍墾消失的天然湖泊有近1000個。
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