雙方死傷人數到底有多大？台獨人士以“大屠殺”稱呼二二八事件。死傷人數一直是二二八事件的爭論議題，有意或無意誇大死傷人數者有之，以彰顯二二八事件之悲慘；誇大抗爭經過者有之，以彰顯抗爭群眾之英勇或塑造英雄。
一九九一年一月十七日，“行政院研究二二八事件小組”成立，負責撰寫研究報告。一九九二年李登輝政府提出的《行政院二二八事件研究報告》列舉〈陳寬政人口學推計〉，一九四六年台灣並無精確的死亡人數統計，一九四七年死亡人數十一萬四一九六人，一九四八年死亡人數九萬五三四○人。一九四七年是二二八事件發生年度比一九四八年的死亡人數多了一萬八八五六人，所以二二八事件被“假想”南京民國政府軍“屠殺的在一萬八千人至二萬八千人之間”。
由於陳寬政用人口學推估的數字太沒有根據，以致《時報文化》正式出版《二二八事件研究報告》時，並未將該資料列入該書內容。報告正文中也正式提到，“以人口學推估死亡人數固是一法，但也有其限制，蓋當時適值戰後復原及戶籍制度更替（國人自日人手中接辦）之際，資料非常紊亂，縱然推估出一些數據，仍無法確定純為二二八事件的死亡人數”，結論之處則強調，該報告並未能對二二八事件的傷亡人數做出精確統計。
曾任《行政院二二八事件研究報告》的總主筆賴澤涵日後在接受媒體訪問時指出，有關死亡人數，現在沒有人可以提出精確數字，他自己認為“數以千計”較為合理。當時擔任該研究報告的審議委員，也是“中央研究院”院士的胡佛認為，當年官方對二二八的傷亡統計，較這種人口學推估要準確許多。白崇禧的宣慰報告當中，包含軍警與台籍人士，死傷總計一千八百六十人。楊亮功與何漢文聯名提交的報告中，死傷人數也在兩三千人之譜，甚至公務員及軍警死傷比台灣民眾嚴重，他認為二二八受難人數，“絕對沒有那麼多，這是完全誇大！”。
蔡正元在其《台灣島史記》中說，依照二二八事件的經過來看，陳儀有機會“屠殺”的時間只有三月八日至四月七日，不在這段時間死亡、而要硬歸入跟二二八事件有關，實在很牽強。死亡人數的謊言很容易戳破，林爽文事件和余清芳事件到現在都還找得到百人塚，二二八事件發生時間離現在這麼近，卻連個十人塚的影子都無，哪來的上萬的死亡人數？
一九九四年二月台灣省文獻委員會就出版《二二八事件文獻補錄》，依據“行政院二二八研究小組”研究報告、戶籍記載、以及訪問紀錄，耆老座談，坊間著作，學術界研究等有關資料，予以彙整的全省二二八事件死亡八五○人，失蹤一七三人，合計一○二三人，應是官方首次就二二八事件死亡、失蹤人數較為完整的報告。台灣省文獻委員會彙整的死亡、失蹤合計一○二三人（按：內有屬於白色恐怖受難者，與二二八事件無關）與目前實際申請賠償之死亡、失蹤人數八百多人相當接近，可以看出當時台灣省政府已不忌諱追求二二八事件真相，可惜不被相信。
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