藍博洲認為，1949年之後才開始有了所謂的“台獨”意識。1949年蔣介石到台灣之後開始搞土地改革，想借土改來拉攏台灣人口結構中最大多數的農民——佃農。通過土改，蔣介石政權一石三鳥，一方面拉攏了佃農支持，同時也打擊了台灣的地主階級、抽離了台灣共產黨組織生存的社會條件。這樣就造成台灣的地主階級既“反共”，又反蔣，他們唯一的出路就是“走向獨立”。也就是這時，“台獨意識”才真正產生於台灣的地主階級中。
“二十世紀六七十年代，這種‘台獨’意識並不成氣候，到了1988年李登輝上台後伴隨著整個世界大形勢與兩岸關係變化，‘台獨’才形成了今天這樣的局面。”藍博洲繼續分析說，這根本就是暫時的，因為它並不是憑著理論去說服人，而是在不正常的歷史階段產生的亂象。只要正本清源地將過去的歷史講清楚，鏟除“台獨”意識根本不是問題。
藍博洲所寫的歷史就有著這種“正本清源”的關懷。藍博洲曾長期調查研究與書寫中共地下黨在台灣被肅清的歷史，這些地下黨並不是大陸派去的共產黨員，而是台灣本省籍的共產黨人，這些從未來過祖國大陸、沒有摸過祖國大陸土地的人為何可以為革命獻身？
藍博洲認為，正是“二二八”使這些人對“白色祖國”失望，同時也認識到了還有另外一個進步的紅色中國，他們才會參與到整個中國的革命中。這也具體說明“台獨”並不是從“二二八”開始的。
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