毫無疑問，現在的生物學家瞭解的南海生物，要比古代漁民和現代考古學家更多。不過，通過對古文化遺址的考古發掘，我們也瞭解一些居住在海邊的古人類，他們所認識的生物。

　　海南落筆洞遺址發現的生物信息較爲豐富。有如：脊椎動物：魚類、陸龜、蟒蛇；鳥類的禿鸛、三亞鵟、鷓鴣、鷳、原鷄、鵪鶉、雉鷄、孔雀雉、緑孔雀、褐林鸮、藍翡翠、藍背八色鶇、紅尾歌鴝、家燕；哺乳類的普通樹鼩、棕果蝠、大馬蹄蝠、馬蹄蝠、黑鵟鞘尾蝠、翅蝠、鼠耳蝠、菊頭蝠、赤腹松鼠、巨松鼠、皮氏毛耳飛鼠、普通鼩鼠、鼩鼠、田鼠、筆尾樹鼠等。當時，落筆洞遺址的居民獵取的動物種類較爲豐富，除了部分較小的爬行類、龜鱉類、鳥類動物外，主要以哺乳動物爲狩獵對象，有較溫順的鹿、麂、水牛、羚羊等偶蹄目動物，也有兇猛的食肉目動物，如華南虎、豹、熊等較大型獸類，已能捕捉到大型的長鼻目亞洲象。此外還獵取靈長目、奇蹄目、翼手目、嚙齒目等動物。其中獵取的小哺乳動物數量居多，約佔出土動物遺骸的三分之二，這或許與當時動物的分布及人們的狩獵活動方式有關。

　　落筆洞遺址的先民活動時期，正是大理冰期後期結束，因氣候漸暖和降雨量增加，給魚類和貝類生物的繁殖提供了良好的自然條件，促進了這類水生動物興盛起來。生態環境的變化必然影響當時人類的經濟活動，帶來了捕撈生産的興旺發展。在洞穴遺存的堆積物中，發現了大量的水生軟體動物遺骸，堆積十分密集，水生動物計有7目240種，其中螺殻約7萬個之多，有些經火燒過。可見，當時的人們重視水生動物的利用，經常到三亞海灣和江邊捕撈貝類水生動物，捕撈經濟比較興旺發達。

　　獵取的獸類動物和貝類生物，需要拾掇和加工，古人又製造出相應的加工工具。出土的小型石片石器數量不少，其刃邊較有變化，有凹刃、凸刃、弧刃、直刃之分，主要工具有刮削器、石片、尖狀器等，可以用來剝削獸皮、魚鱗、貝殻和切割獸肉。小型工具的使用當同經濟生活中進行食物加工有較密切的關係。

　　由於地處熱帶地區，十分有利于植物的生長髮育，森林茂盛，植物種類繁多，且盛産熱帶瓜果。爲當時的採集活動提供了良好的天然場所，衆多的植物果實豐富了古人的食物來源，砍砸器、敲砸器、骨鏟、角鏟等工具可用來砍伐樹枝和挖掘塊莖之類的植物，有些工具上留有使用的痕迹。

　　從落筆洞出土的工具和動物殘骸來看，當時主要還是採集經濟，特別是在漲潮退潮時採集海邊生物。

　　在落筆洞遺址之中，魚骨發現很少，有學者推測，這是否反映當時的居民還未能製造魚鏢、魚槍頭等捕魚工具和掌握編織漁網技術，難以在近海中泛舟張網捕魚，僅能在臨近江海灘邊直接撈取螺、蚌類生物。

　　香港南丫島深灣遺址是一處新石器時代晩期至靑銅時代的沙丘遺址。遺址的地層中出現鱸魚、帶魚、豬、牛和馬（？）骨，還發現部分貝殻，出土物中有不少于1449條斷斑石鱸、228條硬頭海鯰的魚骨，還有石鱸科、眞鯛科、笛鯛科、鸚咀魚、海鰻，還有箭豬、豬、海豚和大型鹿科動物獸骨和魚骨，包括穿雙孔的鯊魚牙齒，鯆魚的脊椎骨。該遺址之中還發現蓖麻種子和莧菜種。馬灣東灣仔北遺址發現蚌刀和蚌飾物以及魚骨製成的飾物。

　　進入新石器時代晩期，南海北岸的人類已經熟練地掌握海洋網魚技術。遺址中大量捕魚網墜出土，魚骨的發現也常見于報道。

　　在澳門路環島的譚公廟和天後古廟內都陳設有鯨魚的椎骨和肋骨，有的肋骨長達3米多，村民當作鎮廟之寶。當地人吿知，這些鯨魚都是澳門路環島附近擱淺的動物。

　　在新石器時代至靑銅時代的香港深灣遺址、鯆魚灣遺址發現數以千計和百計的斷斑石鱸、硬頭海鯰的魚骨。類似的情况在香港長洲島西南岸的白鰽灣遺址也有發現：這里發現的斷斑石鱸不少于341尾，硬頭海鯰不少于40尾，還發現有龜殻、脊椎骨。陸生哺乳動物小鹿、豬、狗和海洋哺乳動物海豚也是先民的食物資源。

　　其實，魚類骨頭髮現較少的情况在南海北岸及其島嶼的諸多沙丘遺址與貝丘遺址中較爲普遍，但不能因此認爲捕魚經濟不是當時的主要經濟活動。例如，寶鏡灣遺址，該遺址之中出土大量網魚用的網墜、沉石和一些可能用于船上的石錨，足以説明當時捕魚經濟十分發達，但是這個遺址之中至今尙未發現魚骨。