由於負責地區幅員廣闊，同時又要與眾多機構進行合作，非洲司令部需要運用其他戰區司令部所不具備的技術和資源。除了靠近海岸線的地區外，非洲國家陸上通信能力極為有限。因此，非洲司令部的工作人員嚴重依賴衛星通信。此外，由於非洲國家使用語言數量非常龐大，這就要求非洲司令部具備大量的語言翻譯人員。筆譯和口譯人員負責口語和書面溝通交流，與此同時，非洲司令部還進行互聯網技術開發以幫助解決語言難題。
作為一個新成立的戰區司令部，非洲司令部得以利用一些最新先進科技。工作人員使用小型輕便衛星通信設備，能夠從位於德國斯圖加特的總部同在非洲、歐洲和美國的其他人員以及合作夥伴進行聯繫。該設備還得到互聯網和手機技術的配合和補充。非洲司令部指揮、控制、通信和計算機系統（C4S）部門目前正繼續試驗新的方式來增強其信息共享能力。該部門人員認為，沒有任何一項技術可以完全解決整個非洲大陸的技術多樣性問題。因此，他們將目標放在集成部分現有技術能力上。信息技術專業人員目前正統非洲工作人員一起確定相關需求，開發和部署解決方案，評估可滿足未來需求的新技術能力。
非洲司令部目前面臨的最大技術挑戰是在非洲廣大區域建立通信，而該地區沒有足夠成熟的基礎設施來為先進技術提供支撐。雖然引進最新技術系統相對來說較為簡單，但要為新系統的部署提供必要後勤支持以及培訓足夠數量技術人員就是非常大的難題了。為了應對這一挑戰，非洲司令部C4S部門團隊需要找出富於創新性的方法來整合原有系統和具備新功能的技術。這不是非洲司令部所面臨的唯一技術難題。很多時候，信息發送方和接收方有著截然不同的需求，在某些時候就造成了互不相容的情況。因此，只有準確界定設備要求才能保證實現協作，以便司令部可以與非洲國家進行合作，同時又能與美國政府各有關部門進行協調。
默勒表示，“自2006年秋天非洲司令部設立計劃啟動到現在，我們不斷改進努力以求發揮各政府機構的最大效能。總的來說，這一工作進行的比較順利。我們面臨的一個挑戰是，雖然機構間有意開展合作，但有時沒有足夠的人員可供派遣。目前我們還在盡力尋找最有效的辦法。我們的工作重點是與非洲共同合作，幫助他們增強維護自身安全穩定的能力。五角大樓對非洲司令部的早期規劃是與非洲國家進行合作，我們盡早發現問題和挑戰並在進入衝突階段之前設法解決這些問題。”他同時補充道，如果美國軍隊有必要介入軍事行動的話，非洲司令部會承擔與其他戰區司令部一樣的責任。除了幫助非洲國家確保他們陸上安全外，非洲司令部還和該地區國家加強合作，增強其海上安全能力。
默勒指出，非洲大陸各國已經逐漸認識到，長期經濟發展在很大程度上取決於海洋領域的安全和穩定。由於非洲司令部的任務之一是支援美國國土防禦與安全，因而該司令部也在一定程度上涉及反恐領域。默勒解釋說，非洲司令部幫助非洲國家提高相應能力以滿足這些國家應對本國恐怖主義的挑戰，同時加強地區國家間相互合作，防止恐怖主義活動在該地區的蔓延。
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