不分區受制派系陷入領導危機
不過，選舉作戰能力，畢竟只是蔡邁向“總統”勝選的考驗之一，更艱難的考驗，還包括蔡對民進黨的領導能力，以及提出可行政策的能力。
如TVBS民調顯示，從6月20日到7月7日，馬英九民調維持44%不變，但蔡英文民調從39%下滑到36%，跌了三個百分點。短短兩週內，爆發兩樁重大政治事件：一是6月29日民進黨公佈不分區“立委”名單，二是6月30日李登輝遭到特偵組起訴。
民進黨公佈不分區“立委”名單，政治主旋律是“派系主導的世代交替”。(注2)由於派系斧鑿痕跡過於明顯，男子組安全名單除了備受爭議的余天之外，幾乎全為派系代表，完全沒有學者專家或弱勢代表，不管是公正性或代表性，與社會期待落差太大，如“台灣守護民主平台”學者所批評：“欠缺民主想像、喪失進步價值”，外界都認為蔡未能堅持理想、輕率與派系妥協。
畢竟，蔡在民進黨初選所以脫穎而出，正因為形象清新，有別於民進黨傳統政治人物，既無派系包袱，也無作秀惡習，因而得到廣大中間選民認同。民進黨不分區“立委”名單，可說是蔡贏得“總統”提名後，首度以黨主席兼“總統”候選人的雙重領導人身分，初次展現的重大人事安排。結果卻大出意外，竟未在選前率先以不分區人事佈局凸顯政治理想，反而到處受制於黨內派系，讓人質疑蔡對民進黨的領導能力。外界不禁懷疑，蔡在選前亟需爭取中間選民認同，猶且不得不受制於派系，選後既已不再受制於中間選民壓力，如何可能不受制於派系？也難怪民進黨不分區“立委”名單公佈後，蔡民調立即受到衝擊。
更嚴重的是，面對各界質疑，蔡卻堅稱“這是最好的名單”；面對黨內反彈，蔡竟回擊“我也不是沒有脾氣”。這些強勢作為，恐怕只會雪上加霜，並無助於化解蔡的領導危機。
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