兩岸紅十字組織在兩岸交流交往中的先鋒作用還表現在為兩岸制度化協商所做的開創性工作上。1990年9月12日，為解決兩岸遣返私渡人員、刑事犯、刑事嫌疑犯問題，兩岸紅十字組織代表在金門簽署《金門協議》，這是自1949年以來兩岸民間團體受權簽訂的第一個書面協定，為維護兩岸交流健康發展和兩岸人民權益做出了積極的貢獻。在《金門協定》簽訂後的近20年間，兩岸警方加強交流合作，聯繫管道暢通，運作有效。至2009年年中，兩岸共遣返私渡人員3.9萬多人，刑事犯和刑事嫌疑犯近180人。2009年4月26日海協會與海基會簽署了《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協定》，構建起兩岸司法互助的合作機制，而這一協議的達成，正是因為有兩岸《金門協議》及此後兩岸按照該協議所作的制度化聯繫和有效運作為基礎的。因而說，《金門協議》首開兩岸制度化協商先例，其影響深遠。
兩岸紅十字組織在兩岸災後重建中的龍頭作用
早在1999年9月21日台灣大地震發生後，大陸紅十字會立即表達派人赴台開展救助、提供救災物資的願望，隨後大陸紅十字會通過台灣紅十字組織捐贈了約332萬美元用於震後救助。
進入21世紀以來，全球氣候變暖問題日益突出。全球氣候變暖使得天氣氣候變化規律被打亂，極端天氣變得越來越頻繁。在這樣的氣候環境下，近幾年來兩岸紅十字組織不斷加強合作，在應對災害、為兩岸民眾提供人道救助等做出了積極有效的貢獻。
2008年5月12日汶川大地震發生後，台灣紅十字組織緊急派遣搜救隊和醫療隊參與受災地區的人道及醫療服務，第一時間向災區運送大批救災物資，並將募集到的社會捐款16億元新台幣用於救災，在災後重建過程中為川、甘、陝三省87個重建項目提供支援。
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