2007年馬英九因市長特支費案遭民進黨當局政治起訴，可能被沒收國民黨“總統”參選人之資格，當時馬英九進行危機管控，當下請辭黨主席，並宣布參選“總統”。吳伯雄以第一副主席臨危受命代理黨主席，當時吳伯雄已經有多步棋要下，第一步不能讓民進黨得逞，讓國民黨失去高人氣的“總統”候選人，因此在臨時中常會為馬一人修改黨章中的排黑條款，即使有若干位中常委反對，吳伯雄霸氣主導中常會通過。
第二步，他要借助黨內仍受尊崇的連戰前主席威望，協助曾因競選黨主席分裂的馬英九、王金平二人的整合大局。因此吳伯雄透過筆者聯繫連戰，表達希望由連出任馬王的協調大局，並讓筆者轉達他若當選黨主席將聘請連戰的重要幕僚林豐正出任黨的副主席。連戰主席聽完後，很樂意擔任這個角色。在筆者的建議下，我請連主席邀請徐立德、林豐正、智庫執行長蔡勳雄及林豐正幕僚黃福田等人先起草協調方案，在筆者完成彙整後，於二月十六日送交協調會上討論。出席者為連戰、吳伯雄、馬英九、王金平、林豐正五人。難能可貴的共識是整合推出最有機會勝選的一組人馬，尤其要求雙方人馬在協調過程中不可對外放話。
因而在協調黨內“總統”候選人過程中有“馬王配”的可能，但王金平最後仍有意願續任“立法院長”，不過由於王已多次出任不分區“立委”已經打破最多兩次的慣例，但為了馬英九的勝選，吳伯雄願意妥協，親自草擬提名王為不分區“立委”第一名的常會提案，並說服馬英九、蕭萬長聯名推薦，送交中常會通過。吳伯雄把協調大責歸給連戰，這是他做為黨主席的胸襟。而王金平最後未參與“總統”、“副總統”選局也是他識大體的決定。
而今國民黨內絕大多數共識要挺台中市長盧秀燕為“總統”候選人，但也有人以盧不肯肩挑黨主席重責，因而也有黨主席候選人稱不能排除有高人氣的“立法院長”韓國瑜參選。如果盧秀燕明年底市長任期屆滿，黨內出現盧、韓相爭時，吳伯雄當年協調馬王的胸襟與智慧就可給下屆黨主席參考。
吳伯雄當年與親民黨協調“立委”的參選時，更是費盡苦心。當時受到“立委”減半的影響，由225席減至113席，各個選區的協調，兩黨的幕僚會議一個個分析誰會勝選，勸退的“立委”候選人也期待著重返執政後有受到重視機會。最後國民黨的不分區“立委”安全名單中讓渡四席給親民黨，這四位重新加入國民黨籍，親民黨同意不推不分區“立委”。新黨則同意不推“立委”區域候選人，只推派不分區“立委”參選。無黨團結聯盟則在會勝選區域獲得禮讓，國民黨不推“立委”候選人，以創造選後合作席次最大化。
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