也有人說是“陸委會”賴幸媛杯葛。本次“台北會談”主辦單位負責人台灣大學政治學系教授，“兩岸統合學會”理事長張亞中於6月28日致函“監察院”，就“陸委會”在杯葛民間舉辦研討會事進行申訴，要求“監察院”進行調查，即“陸委會”在本案中是否有欺騙、刻意不公平並妨害學術言論自由等失職行為。顯然，張亞中告“陸委會”是對的。
據中國時報報道，主辦單位透露，包括海協會副會長王在希、海協會聯絡部主任於京等九位具備大陸官方身分的受邀人士，被“陸委會”拒絕入台參與會談，除了大陸社會科學院台灣研究所所長余克禮等大陸學者可參加外，其他具備大陸官方身分的學者、具大陸解放軍身分及涉台事務人員身分的學者不能來台參會，王在希、於京等海協會人員雖然曾來台參訪或參與活動，但這次被拒絕入境。
兩岸統合會認為，“陸委會”的決議“很不合理”，他們強調此次會談廣邀兩岸學者以及台灣藍、綠學者，包括民進黨執政時代的前“陸委會主委”吳釗燮、前民進黨“立委”郭正亮等人都準備出席，甚至發表論文，兼顧紅藍綠，比較周全，沒有什麼偏向，沒有什麼不符。“陸委會” 對主辦單位進行三申五令地下杯葛令，是直接造成這次停辦的主要因素，已經造成失職，必須追究其有關失職責任。
而“陸委會”會三申五令地下杯葛令，當然跟主任委員賴幸媛有關。賴幸媛是李登輝的人馬，她堅持台灣主體，她代表的是綠營的利益，在她的身上反映了綠營人士、特別是台獨人士如李登輝等人的意志和思想傾向，當時馬英九把賴幸媛放在“陸委會”擔任主任委員，就是希望她能夠鑒證馬英九是愛台灣的，不會傾中賣台，發揮它踩刹車的作用。因此，賴幸媛的思想行為很可能是導致這次“台北會談”關門的主要原因，值得嚴厲批評。
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