其他民眾的的意見，自然是保釣人士中最先進和堅定的部分。他們意見很多都是站在，政府能不惜一戰，主權不容擱置、模糊的立場上，沒有考量到兩岸執政者的立場和意誌，也沒有考慮到關於這一問題最好性價比的解決方式。資訊沒有全部攤開之前，有的則擔心即使不是現在，未來會不會，因為漁權導致在主權上更為被動。至於認為此舉，讓馬英九站在了美日一邊，事實是，每時每刻馬英九都站在他們那一邊，和漁權協議的簽署關係不大。
沒有更多的意見表示對馬英九政府漁權的肯定，並不代表激烈反對的人更多。一方面是更多的人需要更多的觀察和了解，既要看看協議本身有沒有以主權換漁權，還要看看執行過程中，日本會不會搞很多小動作，明修棧道暗渡陳倉，對主權有更多固化的作用。不過多和過早表態，是怕支持錯了人和事；另一方面是，這件事情就像在自己田裡種地，還要申請鄰居批準，本身就不是很長臉面的事情，即便沒有出賣主權，也沒有多少值得炫耀和高興的。可以肯定的是，隨著協議內容和細節的更多瞭解，理性支持和容忍的人和團體會越來越多。
大陸對台灣和日本簽訂漁業協定，除了關註漁業協定有無失去或在執行中失去主權的可能外，還要擔心，日本借釋放漁權之際，搞兩個中國。如果台灣的行為，不妨礙兩岸對釣魚台主權的主張，不借機在拓展國際空間上開啟壞的先例，大陸已經明確表明，保護漁民權益，是兩岸共同的責任。會樂觀其成的。
台灣和日本漁權協定簽訂的背景就是大陸和日本在釣魚台問題上的對峙越演越烈，日本軍事、經濟和政治上面臨極大的壓力。選擇台灣進行讓步，是既能避免和大陸、台灣兩邊作戰，甚或會和台灣在美國面前打對堂之外，也希望能夠讓大陸間接感受到自己的讓步，以和台灣對“主權”的擱置和模糊，代替向大陸的直接讓步的擱置和模糊。希望以此能夠緩解中日關係。如果日本不再主權上進一步挑戰大陸的底線，讓大陸顏面上下不來台。無傷主權的合作，大陸不但會默認，也許還會鼓勵有更大的規模和範圍。
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