至於最敏感的兩岸及外交問題上，馬英九也並沒有迴避，或許不同角度的人會有不同的感覺，有的感覺良好，有的感覺不好，但基本上說兩岸關係穩定是最有成就，這一點也不為過。他提到改善兩岸關係及促進和平繁榮之各項作法，當然也論述到台灣的國際活動參與及國際空間問題。兩岸直航、陸客來台觀光、與大陸簽署十四項協議、與大陸簽署的“兩岸經濟合作架構協議”（ECFA）等這些了不起的成就，當然這些都不是天上掉下來的禮物，是經過多少人多少次的談判交流溝通而努力得到的成果，也是大陸當局願意與台灣展開良性互動的重要善意表示。
對於台灣“世界衛生大會”（WHA），加入“政府採購協定”（GPA），與美國重建高層互信，恢復重要軍購，重啟“貿易投資架構協議”（TIFA）的協商，這些部分大陸當局當然會有意見，但目前也只能在互不承認的基礎上，尋求互不否認及對岸諒解，期望能夠體會台灣多數民意的心聲。台灣發展自主國防力量，持續向外購買無法自製的防衛性武器，是短期內不會調整的策略，只是其程度比例而已，至於情況就有賴於環境的改變及兩岸情勢而定。台灣方面更不會因此就不與對岸進行更深度的交流，反而要持續加強兩岸在經濟、文化、社會等各個層面之更有深度更廣泛更全面的交流，以累積互信，化解歧見，維繫台海永久和平。兩岸目前的交流雖有進展，但目前仍過於表面，不夠深入，兩岸民眾間的理解，也常常只是片面性及具局限性，因此未來深入溝通的工作必然要繼續推動。
由於馬政府的開放政策，使大陸各省的採購團絡繹不絕，採購台灣商品或經貿合作的金額數以百億計；來台觀光的陸客更已成為台灣觀光業最重要的客源，估計今年陸客就會帶來至少七百二十億元的觀光外匯，更別提ECFA生效之後，對於台灣經濟將會帶來更大的貢獻。
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