也就是說，在亞太區域安全戰略中，美日台是戰略同盟關係，也即台日是盟友，是站在同一陣線上，中國大陸則是其共同的對手甚至敵人。多年來兩岸關係的緩和與改善，並沒有改變這一區域結構性的格局，也沒有改變兩岸的軍事敵對與政治對立關係。
多年來，台灣與日本一直存在密切的軍事情報合作，目標重點均是針對中國大陸的。不僅兩蔣時代，因兩岸軍事對峙台日就存在密切的軍事關係，蔣介石還請來日本戰犯訓練台軍。李登輝執政後，因其強烈的親日情結，台日關係發展迅速，台灣開始與日本進行“安全合作”。
民進黨執政後，更加親日，台日軍事與情報交流更加密切，並趨於機制化。2003年1月，日本派專職軍事人員駐進台北的“日台交流協會”，台則派“國安局”中將常駐日本，專責台日情報交流，揭開了台日互派高級軍官加強情報交流的序幕。尤其是每年10月雙方固定在日本舉行儀式“台日軍事情報交流會議”，會期五天。情報交流與合作的重點就是關於中國大陸的軍事情報，其分工則是台灣負責向日本提供解放軍南海艦隊與戰機部署情報，日本則負責向台提供解放軍東海、北海艦隊情報。
儘管目前因日本強行將釣魚島“國有化”引發海峽兩岸與日本的釣魚島爭議，台灣撤回駐日代表，進而推遲台日軍事情報交流會議，但這只是暫時的，風頭過後台日還會繼續推動台日軍事情報交流，台日關係在某種程度上牽制著兩岸關係的發展。
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