第一階段，由於兩岸政治經濟社會體制的巨大差異，從1980年代初期到1990年代中期，對台經濟政策不得不“比照外資政策”。
早在1980年代，大陸雖然歡迎台灣同胞來大陸投資，但由於社會主義公有制在大陸經濟法制和實際經濟生活中佔有絕對主導地位，私人資本的生存發展空間還很小，把具備國際流動資本性格的台資簡單當作國內私人資本，不利於台資企業順利發展。對台資的定位，既不能等同外資，也暫時無法完全等同內資，這就是1980年代引進台資面臨的法律困境。為擺脫這個困境，大陸政府在決策時出現一個“國內境外”的定位思維，並且暫時實行“比照外資”的特殊政策——暫時把台資作為特殊形式的內資，參照執行外資法的有關規定加以鼓勵和保護。這是對台資企業發展和大陸經濟發展都有助益的權宜之計。1988年7月，《國務院關於鼓勵台灣同胞投資的規定》（常稱《二十二條》）頒佈，第一次提出台資“參照執行外資”待遇的政策，從國務院行政法規角度初步解決了台資赴大陸投資的法律定位困境。讓台資企業參照執行外資立項審批政策，可以使台資企業的審批有法可依，有制可循。而且，外國直接投資的立項審批程式隨著外資法律法規體系的形成而建立起來，外資擁有比內資更為便捷的投資審批管道。1980年代後期，這種對台經貿政策不斷延伸和完善，逐步與形成中的外資政策完全接軌。隨著外資管理體制在國家各有關部門之間的分工進一步明確，各個部門分管的領域雖有不同，但將台資“比照外資”的台資政策完全得到落實，這是適應當時兩岸政治經濟形勢的務實政策。⑤
第二階段，除了上述“比照外資”的優惠政策之外，1994年以後十多年，大陸對台商實行以“同等優先、適當放寬”的“超外資”特殊政策，促進了兩岸關係的整體穩定。
為應對台灣當局“戒急用忍”兩岸經貿政策，開展“反台獨反分裂”工作，根據1995年1月江澤民《為促進祖國統一大業的完成而繼續奮鬥》講話精神，國務院在1997年4月出台《關於加強對台灣經濟工作若干問題的通知》（國發（1997）14號文件）。通知指出，要按照國家產業政策，繼續實行對台商投資“同等優先，適當放寬”政策，強調“對台灣大企業及上市公司投資符合我產業政策和重大項目或老企業技術改造專案，其產品可適當放寬進入我內銷市場的限制；對台商投資領域和地區，可適當放寬限制條件。”⑥此後，台商投資大陸有了更優惠的政策條件，極大地加強了兩岸經濟聯繫，為兩岸關係整體穩定提供了有利條件。
另外，這一階段的大陸對台經濟政策還經受住“台獨”分裂活動的考驗，不斷發展成型，並且形成了以爭取台灣民心和規避政治干擾的“政經分離”策略，為控制兩岸政治敵對的“存量”因素，培育兩岸合作互利的“增量”因素奠定了良好的基礎。
第三階段，2010年以後，兩岸經濟關係走向自由化和制度化，兩岸經濟合作機制具有鮮明的兩岸特色，亦即超越歐洲版的“共同市場”模式，推動兩岸關係的“跨階段發展”。
清華大學台灣研究所劉震濤所長帶領的研究團隊在2008-2010年多次提出兩岸經濟關係“跨階段發展”的政策建議，指兩岸若要將各自的經濟發展與兩岸合作結合起來，就意味著兩岸在經濟關係尚未完全正常化、兩岸自由貿易區還未建成的情況下，需要加強多方面政策協調與設計，在推進產業合作、形成自主品牌、制定技術標準、掌握價格決定權、開拓產品市場等方面加強合作。這就決定了兩岸間的經濟合作進程可能不會是按照“自由貿易區—關稅同盟—共同市場—經濟聯盟”的歐洲經濟一體化順序循序發展，而是上述不同階段在不同產業、不同層面的雜糅，形成跨階段交叉發展的狀況。⑦這一主張通過多種管道為更多的政策制定者瞭解和接受。⑧2009年元旦，胡錦濤總書記發表了通稱為“胡六點”的對台講話，首次明確提出了要建立具有“兩岸特色”的經濟合作機制。2010年6月底兩岸簽訂了“兩岸經濟合作框架協議”（ECFA），被稱之為“兩岸特色經濟合作機制”的一個具體體現。2010年7月ECFA剛剛簽訂不久，國務院台辦主任王毅在第六屆兩岸經貿文化論壇（廣州）上就表示ECFA既突出“兩岸特色”，又順應了“時代潮流”，“兩岸特色”是指協議本身在“兩會”特殊機制下簽署的特殊政策框架，體現了兩岸同胞之情，以民為本，互利雙贏，“時代潮流”是指面對區域經濟一體化加快發展的新局面，兩岸意識到我們應當同舟共濟，攜手應對。
三十年多來對台經濟決策與兩岸經濟交流合作的經驗，為兩岸在政治對立僵局下處理互動關係提供了很多參照“低階政治運作”的高度政治智慧，以及十分具體可操作的互動策略與技術。兩岸“兩會協商”（大陸海協會和台灣海基會）的過程與各種具體協商方式方法的設計，無不體現出這樣的智慧與策略。近年來，清華大學台灣研究所召集的跨兩岸跨部門的“兩岸產業合作搭橋”計畫，推動兩岸產、官、學三方合作互動，推進產業經濟共同發展與協調發展，也是體現這樣的智慧與策略的極好案例。⑨建設具有兩岸特色的共同市場，反映出兩岸在經濟交流與合作事務上超越了歐洲版“共同市場”理想形態，具有跨階段、深層次等很多特色。
毋庸諱言，最近十多年來，兩岸關係真正的突破點是經濟關係，這既是兩岸政治僵局下的務實選擇，也是經濟全球化、區域一體化和中國大陸經濟崛起的時代背景下的必然選擇。大陸經濟發展與兩岸經濟合作，已經將兩岸關係帶到了一個新的歷史平台，並且提供了新的處理工具和方法。其中具有兩岸特色的政策決策思維、決策機制與政策過程實踐，將會對兩岸社會、文教、政治等領域的交流互動產生深刻和深遠的影響。
兩岸特色論的基本內涵與因素分析
1、五個基本內涵
兩岸特色論的內涵之一，主張兩岸事務是一種特殊的國內事務，需要特殊的政策過程。就是說，兩岸事務屬於尚未完全統一的中國內部兩個特殊地區之間的事務，同時是兩岸中國人同胞之間的事務。這樣的特徵體現在兩個方面。一方面，兩岸關係和兩岸事務不同於國與國之間的關係與國際事務。典型例子就是ECFA。兩岸公認ECFA是“具有兩岸特色的經濟合作機制”，其內容“本著世界貿易組織基本原則，考慮海峽兩岸的經濟條件，逐步減少或消除彼此間的貿易和投資障礙，創造公平的貿易與投資環境”。⑩ECFA精神與自由貿易原則一致，但無論從商談形式、簽訂主體到條款內容，都體現了兩岸務實進取、互諒互讓的同胞之情，同時恰當地反映出兩岸雖未統一但同屬一個國家的法理屬性。從這個意義上說，ECFA與國與國之間的FTA有著本質的區別。
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