美“航行自由計劃”違反《公約》規定的航行制度。在內水，沿海國享有完全主權，任何外國船舶航行均須獲沿海國批准。美卻以他國領海基線劃法不符合美國自詡的所謂“國際法”為由，強行派軍艦闖入他國內水，侵犯他國主權。
在領海，沿海國享有領土主權，包括立法、執法和司法管轄權。外國船舶在不損害沿海國和平、良好秩序或安全的前提下有無害通過權，這要求外國船舶不得對沿海國的主權、領土完整或政治獨立進行任何武力或以武力相威脅，不得進行操練或演習，不得搜集情報等。但美無視這些規則，悍然在他國領海抵近偵察，並耀武揚威。儘管《公約》對外國軍艦進入領海是否需事先通報或批准未作規定，但中國、土耳其、巴基斯坦、印度等約40個國家確立相關通報或批准制度，其他國家應予尊重。但美無視這些國家的法律和實踐，派軍艦在他國領海肆意穿行。
在毗連區，沿海國為防止在其領土或領海內違犯其海關、財政、移民或衛生等事項的法律或規章，以及懲治上述違犯行為，可行使管制權。外國船舶在該海域並無絕對的航行自由，航行自由以不違反沿海國的有關管制權為前提。
在專屬經濟區，沿海國享有勘探開發自然資源的主權權利，並對人工設施建設、海洋科研和海洋環保等享有管轄權。外國船舶在一定條件下在該海域可行使自由航行權，包括不應妨礙沿海國主權權利和管轄權，須“適當顧及”沿海國的權利和義務，並遵守沿海國的有關法律和規章，而且“應只用於和平目的”。顯然，他國軍艦或軍機挑釁性穿越或通過沿海國專屬經濟區，在沿海國專屬經濟區舉行針對性軍事演習、進行軍事測量或情報搜集等軍事活動，不屬於為和平目的，也不應被認為是航行自由活動。實踐中，美軍艦和軍機毫無顧忌地在他國專屬經濟區內開展軍事測量、情報搜集、軍事演習等軍事活動，嚴重威脅沿海國國家安全，違反《公約》規定的專屬經濟區航行制度。
即使在公海，各國行使航行自由，也“應只用於和平目的”，並須“適當顧及”他國公海自由和國際海底勘探開發活動等，還應遵守海洋環保、海上避碰以及海上救助等方面的一般國際法規則。但美“航行自由計劃”追求不受任何限制的“絕對自由”，違反《公約》規定的公海航行制度。
美“航行自由計劃”背離《聯合國憲章》的宗旨和原則。《聯合國憲章》規定了禁止使用武力原則。《公約》第301條也規定，他國在行使權利時，應不對任何國家的領土完整或政治獨立進行任何武力威脅或使用武力，或以任何其他與《聯合國憲章》所載國際法原則不符的方式進行威脅或使用武力。美國打著“航行自由”旗號“秀肌肉”，派遣軍艦前往相關海域擅自行動，對其他國家進行軍事挑釁和武力威脅，嚴重背離《憲章》的宗旨和原則。
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