靖國神社的前身是“東京招魂社”，用於祭祀1869（明治2年）年在明治維新時期的戊辰戰爭中亡者的靈魂。1879年改名，一直在祭祀西南戰爭、日清戰爭（中國稱中日甲午戰爭）、過去的二戰等“為保衛祖國而犧牲的人的神靈”（靖國神社）。最初祭祀的靈位僅為3588個。之後一直加入新的戰歿者，作為神靈集合體進行“合祀”。
此外，作為合祭場所的“招魂齋庭”的存在也是靖國神社所特有的。在一般神社，靈位很少會增加，目前還有所縮小。但靖國神社與創建時相比靈位增加至約700倍，在這個過程中，專用場所成為必要。
其次，與國家的關係也是決定靖國神社特異性的巨大因素。二戰前是由陸海軍省管轄的國家機構。二戰後不再由國家管轄，但厚生省（現為厚生勞動省）制定了表明在過去大戰的戰歿者中應該合祭的死亡者名單“祭神名票”。
靖國神社祭什麼人？
那麼，什麼樣的人能得到祭祀呢？包括對日本明治維新有功的吉田鬆陰、阪本龍馬和高杉晉作等幕末志士、以及在第2次世界大戰中被動員的學生和女子挺身隊隊員。此外，還包括當時屬於日本國民的台灣和朝鮮半島出身的約5萬名軍人等。另一方面，西鄉隆盛雖然是明治維新的領導人之一，但沒有得到祭祀。這是因為其在西南戰爭中曾與明治政府為敵。
靖國神社表示，合祭原則上不考慮本人及其遺屬的意願，同時不會事先向遺屬取得同意。5萬外國人的合祭也沒有得到遺屬的同意，而是以當時通過“創氏改名”（強制將朝鮮名字改為日本名字）形成的日本姓名進行祭祀。
二戰前由“靖國神社合祭者資格審查委員會”決定合祭對象，舉行“招魂儀式”。將記載有合祭人員姓名的“靈璽簿”放入被稱為“禦羽車”的神轎上，供奉到本殿，在靈位中加入新的戰歿者等的名字。儀式的情形通過廣播電台向日本全國進行實況轉播。二戰後則由神社最高神官宮司根據“祭神名票”決定合祭。
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