其被控的第二項罪名受賄罪，是在2007年至2008年間，收受北京誠信雙龍安裝工程公司尤建軍10萬元。
指控的第三項罪名巨額財產來源不明罪，檢方查明，案發前，肖個人財產、支出明顯超過合法收入，數額特別巨大，本人不能說明合法來源的部分共計800餘萬元。
目前，贓款已全部追繳。
貪污
指控共7筆事實 金額1400餘萬
據市檢二分院辦案檢察官介紹，2006到2008年動物園改建中，包括獸舍改造工程、大熊貓館改建工程等，每個工程裡均有許多小型工程。6大工程，中標的只有2家公司，分別是乾建公司中標5項和宜然園林公司中標1項。
“這兩家公司均通過正常招投標程序得到工程。”檢察官介紹，亁建公司中標後，動物園把錢打到該公司賬上，公司再把發票經肖紹祥交到動物園財務處。
6項工程合同款3000餘萬元，2家中標單位按肖的要求返還了2100餘萬元，肖扣下1005萬元後，將剩下的錢給了實際施工的單位。
肖辯稱，自己雖然拿走了1000餘萬，但動物園並沒損失，“這些工程都按時保質保量地完工了”。
而據檢方調查，6個工程本來的中標價和結算價就有700萬元差價，加上肖拿走的1000餘萬元，動物園自己填補了1700餘萬元的窟窿。
其他貪污指控
冒領拆遷補償22萬：2005年4、5月間，在動物園110千伏的輸變電占用拆遷中，肖叫下屬向拆遷公司索要職工宿舍廁所和小院的補償款，最終獲賠22萬元。之後，肖將該筆錢存到下屬的賬號上，並將存折拿走。最終該存折在肖位於房山的小產權房內被查獲
騙拆遷補償200萬：2007年底至2008年初的輸變電拆遷中，動物園存放飼養草料的草庫面臨拆遷，肖向拆遷公司出示了一張委托書，將補償款中的3項業務交由其實際控制的田龍飛宇經營部承擔，肖因此拿到210萬元拆遷款。後他將其中10萬元用於給動物園買草料運輸車
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