山大財務部副部長何維興認為，這個辦法明確規定了項目結餘經費的分配流程，結餘經費的分配必須經過一系列的學校程序：對科研人員的績效獎金發放的前提是，領取該賬戶裡的資金必須經過學校財務部門的批准審核，繳納正常的個人所得稅後領取。“陳哲宇負責的項目中，沒有任何一個履行過上述程序，陳哲宇個人也沒有通過正常程序辦理過績效費的領取”。
陳哲宇有“長江學者”“泰山學者”兩個稱號。按最初的規定，這兩個稱號每年各有獎金或崗位津貼10萬元。而據他稱，長期以來，山東大學並未支付他“長江學者”的獎金。
被逮捕後，2015年12月11日，山大人才工作辦公室出具了《關於陳哲宇“長江學者”、“泰山學者”崗位津貼發放情況的說明》，稱2011年，“泰山學者”規定，當年進入二期管理的專家崗位津貼提高至每年30萬元，而陳哲宇在“泰山學者”的聘期內又入選了“長江學者”，按照學校對於高層次人才的支持原則，同時入選兩個及以上人才項目的專家，只能就高享受一個項目的支持待遇。
“這份說明是山大在案發後應辦案單位要求出具的，不是一開始就有的學校文件，也不是會議紀要，沒有普遍的約束力，對之前的行為也沒有溯及力。即使山大之前有文件規定，也不能單方面違反和陳哲宇簽訂的長江學者合同，這等於違反了法律和教育部的有關規定。”陳哲宇的一審辯護人質疑。
中國青年報·中青在線記者就此聯繫了山大人才辦公室主任曲明軍，他表示，辦公室配合司法機關調查時曾代表學校出具了這份說明，但他對具體案情不了解，未予回應。
個人為實驗室墊資未完全報銷？
另一個被認為應從50萬元裡扣除的款項，是陳哲宇為實驗室購買儀器和試劑的墊資。
據了解，山大醫學院神經生物學系2005年年底籌建。被作為專家引進回國之前，陳哲宇在美國康奈爾大學醫學院留學。因為與國外的實驗室熟，為了保證科研的時效性，尤其在實驗室建設的初期，陳哲宇經常“人肉搬運”買好的儀器和試劑回國。
“不管幾點，他回國下飛機的第一件事一定是把試劑運回實驗室。”陳哲宇的妻子徐路說。
在張述的印象裡，陳哲宇差不多每年要出國兩次，參加一些學術交流活動。臨行前，陳哲宇總會詢問實驗室人員需要從國外買什麼儀器、試劑或者耗材。“記憶最深的一次是他回國帶了3個行李箱的實驗用品，都是給實驗室的小儀器或者抗體。為了保證試劑能一直處在低溫環境，他還用自己的衣服一層層包住裝著幹冰的小保溫箱。”
陳哲宇認為，自己為實驗室投入了大量的試劑、設備、細胞株以及轉基因小鼠。但由於物品是由個人從國外買進，國外無法提供發票，墊付的錢始終無法通過正規途徑從學校報銷。
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