黨的十二屆三中全會後，經濟體制改革轉向以城市為中心、以國有企業改革為重點。隨著社會主義市場經濟體制的逐步建立，國有企業由原來的統收統支逐漸成為自主經營、自負盈虧的市場主體，被賦予用人和工資分配的充分自主權。在這一背景下，再延續企業自管職工退休的制度，難以適應市場平等競爭的需要，也無法為廣大職工提供穩定、可靠的養老保障，由“企業保險”轉向“社會保險”迫在眉睫，勢在必行。
因此，從上世紀80年代開始就進行了地方性改革探索。90年代以後，逐步在全國範圍建立了統籌互濟的社會化養老保險制度，均衡了企業之間的退休費用負擔，最終形成了社會統籌與個人賬戶相結合的基本養老保險制度模式。後來，這一制度又擴大到各類所有制企業和城鎮靈活就業人員等群體。到去年底，已覆蓋城鎮3.38億職工和退休人員。而機關事業單位，由於不像企業那樣處於經濟體制改革的最前沿，改革的重點是建立規範的公務員制度和事業單位人事管理制度，而養老保障改革的進程相對滯緩，總體仍維持單位退休制度。這是形成“雙軌制”的歷史原因。
第二，“雙軌制”引發的矛盾愈益凸顯。機關事業單位現行退休制度實行近60年，對保障退休人員生活、穩定幹部隊伍，發揮了重要作用。但隨著社會主義市場經濟的發展，也逐步暴露出一些矛盾。
從制度內部看，主要有兩個問題。一是機關事業單位的退休費用由財政或單位承擔，單位之間負擔畸輕畸重，一些地區和單位，特別是一些基層事業單位退休費不堪重負，甚至無法保證及時足額支付。二是機關事業單位工作人員退休費是按“最終工資”的一定比例分檔計算的，難以充分體現工作人員整個職業生涯的勞動貢獻。
從全社會的角度看，也有兩個突出問題：一是由於制度模式不同，機關事業單位與企業之間養老保險關係相互轉移接續困難，制約了人力資源合理流動和有效配置。二是機關事業單位與企業之間的退休費（養老金）待遇確定和調整難以統籌協調，同類人員之間的待遇差距拉大，產生不平衡。
第三，在實踐探索中逐步積累改革經驗。自上世紀90年代以來，一些地區和行業對改革機關事業單位養老保險制度進行了探索，先後有28個省市開展了局部試點。2008年，國務院決定在5個省市先行開展事業單位養老保險制度改革試點，與事業單位分類改革配套推進。這些改革取得了一些局部經驗，為全面實施改革奠定了實踐基礎。
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