由於國共兩黨對於“一中框架”和“一中架構”有了共同的認知，所以大陸學者張文生就說，“吳習會”標誌著國共兩黨的政治互信與兩岸交流進入了一個新的發展階段。“吳習會”的最大成就是國共兩黨對於“一中框架”形成了更加明確的共同認知。“吳習會”既是國共兩黨之間的政黨交流，也是兩岸高層政治對話，具有象徵意義，也有實質效力。
而習近平在對話中也提出：國共兩黨理應堅持一個中國立場、共同維護“一個中國框架”。而“一個中國框架”就是“大陸和台灣雖然尚未統一，但同屬一個中國，是不可分割的整體”。這是兩岸關係中最根本、最核心的問題，也就是維護國家領土和主權完整的涉及中華民族根本利益的問題。國共兩黨以及海峽兩岸要“增進互信，核心就是要在鞏固和維護一個中國框架這一原則問題上形成更為清晰的共同認知和一致立場。
當然，在「一中架構”中，國共兩黨既然有了共同的認知，顯見國共兩黨繼續往政治談判的“深水區”邁進，應該不是困難的事。
但是，台灣的民進黨就不這麼看待“吳習會”所取得的共同認知。
首先是民進黨主席蘇貞昌6月15日在華盛頓表示，台灣不是中國的一部分，民進黨絕不願意被鎖在“一個中國”的框架中，請中國不要改變現狀，“希望中國不要逼人到絕地”，因為這也違背絕大多數台灣民意。
其次是民進黨立委陳其邁、李俊俋及姚文智6月13日聯合召開記者會嚴厲抨擊，認為國共會談已經變成葬送台灣主權的遮羞布，讓台灣陷入三大危機，包括主權流失危機、改變台海現狀的危機、危害台灣民主價值的危機。
再來就是民進黨新北市黨部主任委員羅致政，他也在6月15日舉行記者會指出，吳習會“一中架構”仍然偏重民族主義論述，是企圖從“一中各表的九二共識”過渡到“政治對話”或“政治談判”；吳習會也逾越分際，把應該是政府對政府的諸如兩岸互設辦事處談判，變成國共兩黨說了算，民進黨向來要求參與兩岸事務過程，過程也要透明化，應持續監督國民黨在提出“一中架構”後的作法和說法。
至於民進黨中國事務部主任洪財隆，他也出面痛批國民黨毫無民主思維，心中已經沒有中華民國，沒有台灣人民。另外，針對吳伯雄“祖先無從選擇”說，洪財隆也表示，祖先雖然無從選擇，但台灣的前途與未來，卻是2300萬人民可以依自由意志來決定，吳伯雄的相關說法，不但落伍陳舊，而且限制台灣人民對於未來的自由選擇權，是對台灣主流民意與民主體制的嚴重傷害。
台灣敵我關係的轉變
針對“吳習會”的言論，民進黨為何發出這麼嚴厲的批評呢？主要還是牽涉到台灣主權的問題。過去民進黨都以1950年舊金山合約的內文做為台灣主權歸屬的指標，由於該次合約簽訂的代表，既沒有台灣的代表，也沒有大陸的代表，所以日本只以“放棄台灣主權”作為聲明，並沒有言明台灣主權應該屬於誰，以致後來台獨人士都以“台灣地位未定論”作為台獨的理論基礎。
在蔣經國主政時代，他已經感受到台獨的威脅，要比中共的威脅來得大，所以在那一個時代，軍方內部的宣傳，已經把台獨放在主位，中共威脅則放在次要地位。但在李登輝追求民主化的時代，台獨人士已經可以大剌剌的進出台灣，但是中國大陸的人民卻仍受到相當大的限制，一直到馬英九主政後的這5年，大陸人民與官員才可以不受拘束的進出台灣。
這是台灣20多年來政治發展比較奇特與怪異的地方。沒有馬英九這5年來努力打開中國大陸的門戶，恐怕兩岸關係還是處在相互較量與對峙的地位，台灣仍然看不到未來。
儘管馬英九已經把台灣通往大陸的道路大為擴展，讓台灣對中共的敵我意識大為轉變。過去的台獨人士可以變成台灣政治發展中相當重要的一員，大陸官員也沒有必要非視為敵對的人士，台灣的民主政治應該有更大的包容性，這才是台灣之福。
但是，就因民進黨至今仍然把大陸當成要吃掉台灣主權的最大威脅體，所以凡是涉及到兩岸政治議題的層面，民進黨都必須要罵兩句，才不會影響台灣主權的獨立性。
謝長廷肯定“一國兩區”
在民進黨一片痛批“吳習會”的聲音中，卻有一種不太相同的聲音出現。例如，民進黨前主席謝長廷6月15日在一場座談會中就說到，將兩岸交流變成國共交流，把兩岸關係變成國共的共識，對台灣不利，但吳伯雄“一國兩區”的說法，並沒有違憲。
謝長廷還表示，“一中”如果不是指中華民國或中華人民共和國，不是既存的政治實體或國家，可能對兩岸人民較好。他提出“兩岸兩憲”主張，呼籲朝野各自讓步，發揮創意，在各自憲法架構下，對等並互相尊重，拉近兩岸共識。
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