供氧系統作為飛行員生命保障系統的分系統，負責在中空向飛行員供應適當含量和壓力的氧氣，而在高空供應的則是純氧。事故原因可能是供氧系統在高空工作時出現了氧氣不足、間歇性供氧或供氧不穩定的問題。而此時飛行員一旦缺氧，就會出現意識模糊，在停止供氧10秒鐘內就會昏迷，導致墜機。
過去的4年內，F-22總共報告了十幾起飛行員缺氧情況。為此，美國空軍耗資700萬美元在F-22送風系統中安裝民用氧氣狀況傳感器監測供氧情況，並加裝了啟動應急供氧系統的安全手柄。甚至兩次大範圍停飛F-22機隊，最長的一次是從2011年5月5日至9月19日，歷時長達4個半月。
為防止再次出現缺氧墜機事故，美空軍還於2011年1月下令，F-22訓練飛行高度不得超過7600米。但是，至今這一問題還沒有得到徹底解決。這對駕駛F-22的飛行員們來講，無疑造成了巨大的心理壓力。據美國《星條旗報》報道，早先就已經有少數F-22飛行員為此提出過轉崗申請，讓上級頗為難堪。
在通信系統上，F-22也存在問題。為了在無線電信號特征上保證隱身效果，F-22最初安裝的是光收不發的Link-16終端，只能與F-22同型機進行雙向數據通信，與其他機型無法通聯。結果，F-22自身雖具有強大的信息獲取能力，卻不能與美軍現役的其他型號作戰飛機實現信息共享、進行協同作戰。這使得單機性能很強的F-22成了戰場上孤獨的“猛禽”，這在連無人機都已經實現網絡化作戰的今天，多少是有些不合時宜的。
為什麼被美國軍方寄以厚望的“猛禽”會出現這樣的問題。究其原因，最主要的可能還是兩點：
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