第三，彈頭在重返大氣層後的多種突防技術。從這個角度來說，就是如何與反導體系對抗（美軍的航母編隊中驅逐艦也有戰區反導能力）。就這個方面來說，和一般的彈道導彈突防有諸多相似之處，比如彈頭機動、釋放假目標、彈頭隱身設計等等。對於一個核大國來說，這些幾乎可以說是成熟的技術。
第四，彈頭再入大氣層制導技術。看過神舟載人飛船返回電視直播的觀眾都知道，就是返回艙在返回大氣層時，會有一陣“黑障”時期。雷達既發現不了返回艙，返回艙也接收不到外界的信號。每到這時，電視機前的觀眾都要揪一把心。同樣，反航母彈道導彈彈頭在返回大氣層時，“黑障”一定程度使彈頭得以隱身，不被攔截，但也給彈頭制導帶來了困難。在彈頭以數馬赫的高速衝進大氣層的時候，它必須能夠知道自己在哪裡，敵人的航母編隊在哪裡，在兩者的速度位置不斷變化的情況下，彈頭能夠進行機動的時間可能是以秒來計算。也就是彈頭在返回大氣層後，應該在最短時間內捕捉到航母編隊。如果彈頭攜帶主動雷達制導裝置，就能夠自動尋找目標。這就跟普通的彈道導彈彈頭大不一樣。
而反航母彈道導彈的彈頭打擊的是移動目標，就需要雷達等更精確的制導方式，但也就面臨了敵方干擾的問題。從歷史上看，美國、俄羅斯曾在普通反艦導彈加裝雷達導引頭，但還沒有將其應用到彈道導彈上，因為過去根本就沒有必要讓彈道導彈有如此高的精度。也有觀點認為這個階段的反航母彈道導彈彈頭接收的是第三方的被動制導，而這一形式尚有爭論，因為對時間的要求太苛刻了。打個比方來說，這就像神舟飛船的返回艙，一般能離預定降落地點幾公里都算高精度了，現在您讓它非要降落在大海上一個直徑300多米還不斷移動的大船上，確實難度太大了。
第五，彈頭在抵達目標後應具備多種抗干擾的末端制導方式。反航母彈道導彈彈頭抵近目標後，一般導彈、防空火炮什麼的早就失去了作用，因為彈頭的速度太快，但是電子、紅外干擾還有效，也就是讓雷達失靈，讓導引頭看不清楚目標，這就給彈頭最後擊中目標帶來了麻煩。在彈道導彈彈頭上，存在著一個明顯的困難。就是高速運動的彈頭，會和大氣摩擦產生極高的溫度，對紅外制導很不利。不過網絡上曾出現國內有技術人員發表過“超高速導彈紅外凝視成像導引頭技術研究”的論文，可見從技術上說並不是完全的“天方夜譚”。
從上述幾個方面來看，反航母彈道導彈從技術上來說，既有巨大的現實困難，也有技術突破的可能性。但除去技術問題以外，反航母彈道導彈的性質和作戰目的還需要辨析一下。
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