調整編成提升反應能力
隨著日向、出雲兩級直升機航母的下水，日本海上自衛隊在指揮體制和兵力編成上作出了較大調整，將主力編為自衛艦隊和“地方配備部隊”。
自衛艦隊相當於舊日本海軍的聯合艦隊，水面主戰艦艇、潛艇和航空兵均編入其內。其中，水面主戰艦艇編為“護衛艦隊”，下轄4個護衛隊群，每個護衛隊群下轄2個護衛隊。一般情況下，其中一個護衛隊轄1艘直升機航母、1艘防空驅逐艦和2艘通用驅逐艦，稱“直升機驅逐艦隊”，主司反潛；另一支則轄1艘防空驅逐艦和3艘通用驅逐艦，稱“防空驅逐艦隊”，主要負責海基反導和防空。需要說明的是，從2005年起，各護衛隊群不再擔負作戰指揮職責，轉為只負責管理、訓練和後勤保障的行政單位，而下屬的2支護衛隊則分散配置，不再集中一地。
與此同時，原先專職防守近海區域的5個地方隊，則轉型成為專門負責一個戰略方向的作戰指揮機構。這也意味著，海上自衛隊的兵力運用不再局限於同一行政單位內，能在發生“突發事件”時部署1到2支“8艦編隊”。這對海上自衛隊指揮運籌、協同作戰、訓練水準和後勤保障等方面提出了更高要求，也提高了其插手干預周邊熱點事件的靈活度。
需要指出的是，近年來，日本自衛隊加速融入美軍作戰體系，強調日美一體化運用，在指揮體制上也在向美軍學習。目前，日本防衛省已決定正式設立統一指揮陸、海、空自衛隊的“統合司令官”，屆時其對海上自衛隊的指揮可能將更加順暢。
野心勃勃惡化安全局勢
然而，日本海上自衛隊的野心遠不止於此。日本方面已確認，下一發展階段將新建2艘噸位更大、威力更強的大型反導攔截艦，其將能夠發射從美國購入的“戰斧”導彈。日本還在研發國產的“防區外導彈”，預計射程更遠，未來將取代美制“戰斧”。此外，美英澳決定開展核潛艇合作後，日本國內也有聲音主張像澳大利亞那樣引進核潛艇。
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