GPS和INS導航可謂各有優缺點。GPS的主要優點在於，它能以較高精度和有限的誤差提供位置數據，但GPS信號容易丟失，也容易受到干擾，而等離子體產生，機動時無法鎖定載波、干擾等因素都能造成GPS信號中斷。而INS通常是基於陀螺“慣性測量裝置”(IMU)，可實時提供精確的導航數據(加速度、速度、位置和姿態)，具有比GPS強得多的抗干擾能力。因此，當GPS受到干擾或因等離子層衰減而GPS信號中斷時，IMU可在地面目標附近區域提供精確導航。但INS可能在一段時間內會累積誤差，而GPS提供的精確位置反饋可給予糾正。這樣一來，GPS和INS兩種導航系統可進行互補。當兩種系統緊密結合成一個系統時，它們各自的缺點將會被進一步克服。
在進行高機動時，早期GPS/INS系統難以鎖定載波回路。這個問題已經得到部分解決，目前的GPS/INS系統在最大值達40g的機動時可保證可靠的性能，並使CTM實現米級的導航精度。不過，當機動的最大值超過40g時，對於體積更大的再入體、更快的再入速度或者當高度機動的再入體面臨更嚴峻的戰場環境時，保持GPS／INS鎖定載波的問題必然又會出現。在釋放突防彈頭，布撒式彈藥或UAV之前，對於能量損耗式機動，類似的問題也將會湧現。再入體可執行能量機動，但IMU的加速敏感偏移可能影響精度。因此，需要對與上述機動相關的精度問題進行進一步的深入評估。
第三技術難題：彈藥和傳感器配置技術
如果再入體布撒了另一個可操縱的武器投射體，那麼對再入體的末端高精度的制導、導航和控制的技術要求就會大大減少。上述的多個PGS系統概念都依賴於布撒子彈藥、武器或無人機：在再入飛行、高超聲速滑翔或巡航之後，布撒可能在高速或低速情況下進行。
對子彈藥的高速布撒所面臨的重大難題是，如何在對彈藥進行氣動捕獲的同時控制所布撒的彈藥，以免它們與再入體再次接觸。如果實施高超聲速布撒，那麼彈藥將可能需另外的熱保護措施。作為對高速布撒的替代方案，再入體可以較低速度飛行，這將大幅降低布撒彈藥所面臨的挑戰。把一個以高彈道系數飛行的再入體降低到低超聲速飛行，將在布撒位置上保持精度的同時面臨損耗大量再入體動能的挑戰。相反，如同美國國防高級研究計劃局(DARPA)的“快眼”計劃所提出的那樣，將低彈道系數的再入體飛行速度降低至可接受的速度更加切實可行。
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