據調查統計，到1990年4月，深圳發展銀行股票價格為每股176.78 元，比接近於實際價值的發行價格上漲了784%；4月拆股後，6月末又上漲到每股24.85元，比4月時的價格上漲598%。截至6月底，其他幾種股票的上漲情況是：金田股票每股83元，比發行價格上漲730%；萬科股票每股7.13元，比發行價格上漲613%；安達股票每股8.76元，比發行價格上漲776%；原野股票每股53.21元，比發行價格上漲432%。（《突破——中國資本市場發展之路》，劉鴻儒著，中國金融出版社，2010年版，第62頁。）
於是《人民日報》編發了《深圳股市狂熱，潛在問題堪憂》的情況匯編，說股票市場使機關人去樓空；國家體改委、中國人民銀行總行、國家外匯管理局組成聯合調查組，從1990年5月中旬起對深圳證券市場進行調查。
這就是深圳市政府創造證券交易印花稅的大背景。1990年5月，國家體改委、中國人民銀行、國家外匯管理局組織赴深圳的聯合調查組的調查報告中就這麼建議：“稅收盡快出台。1987年，深圳市出台了差價稅和紅利稅，單一制沒有能夠實行，主要是計稅依據無法掌握，場外交易不便徵稅。現在應盡快考慮出台印花稅和股息收入調節稅，用稅收杠桿調節私人收入過高的問題”。而當時奉國務院的正副總理批示、國家審計署會同中國人民銀行組成聯合調查組，在1990年7月3日至7月17日赴深圳進行調查後所提出的政策建議中也有“提高印花稅和個人股息收入調節稅率”這一項。可見當時中央和地方政府的出發點主要是為了維護和穩定正在發展的證券市場及適度調節炒股收益。
1990年6月28日,深圳市政府參照香港證券市場制定的《關於對股權轉讓和個人持有股票收益徵稅的規定》中就同時包括了對個人持有股票收益徵收個人收入調節稅的規定。由於印花稅屬與地方稅種之一，所以地方政府可以自行決定徵收與否；同時由於印花稅屬於憑證稅而非行為稅，而當時的股票交易採用的還是具有“書面憑證”（股票）、即“有紙化”的“書據”轉讓交割過戶方式。
因此證券交易印花稅實際上是深圳市地方政府在中央調查組的建議下、在經濟體制改革以及股份制和證券市場發展過程中，套用了印花稅的書據印花而設立的一個實際上完全不同於印花稅的新稅目，中央政府當時只是暗中鼓勵並默認了地方政府收取這個稅目來醫治市場的過熱行為。
證券交易印花稅最先於1990年7月1日在深圳證券市場開始課徵，由賣出股票者按成交金額的6‰單向交納。同年11月，深圳市對股票買方也開徵6‰的印花稅，我國證券市場雙邊徵收印花稅的歷史開始。正因為如此，1990年12月8日起深市指數開始往下，自此開始9個月的長跌。9個月中，深市總市值抹去七八個億，市值只剩35個億。於是，深圳市政府在1991年9月初動用2億元資金秘密救市的同時，又於1991年10月將印花稅率下調到3‰。上海在深圳試徵證券交易印花稅取得經驗的基礎上，於1991年10月3日發布《關於對股份轉讓書據徵收印花的實施辦法》也開始對股票買賣實行雙向徵收，稅率為3‰。
1992年6月12日，國家稅務總局和國家體改委聯合下發《關於股份制試點企業有關稅收問題的暫行規定》，明確規定了股份制試點企業向社會發行的股票，因購買、繼承、贈與所書立的股權轉讓書據，均依書立時成交金額，由立據雙方當事人分別按3‰的稅率繳納印花稅。
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