但蘇起下台，在美中台關係上，會出現兩個效應:
第一、馬政府會被認為太向美國妥協，尤其華府方才宣布對台軍售，引起大陸強烈不滿，蘇又疑似為交代美牛事件而去職，時間點太過接近。
第二、“國安會”是馬英九兩岸、外交政策幕僚機構，包括未來兩岸是否要進入政治議程、啟動軍事互信機制等，乃至兩岸兩會協商等等，“國安會”都將扮演重要角色。蘇起嫻熟兩岸，又是“九二共識”催生者，堅定主張和解，兩岸政策是否因此受到牽動，會引起猜測。
馬英九延攬接任蘇起的胡為真是抗日名將胡宗南之後，他這幾年來最受矚目的一件事，就是在2007年7月於台灣駐新加坡代表任內，公開接受媒體專訪表示，他沒有辦法接受扁政府“去蔣化”、“去中國化”、“正名”等一系列政策，決定請辭，結束35年的公務員生涯，告老還鄉。馬英九在批定胡為真接“國安會秘書長”時，明顯有考慮到對美、對大陸關係的平衡，刻意避免讓外界，特別是北京認為台灣過度向美國傾斜。
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