但這種風平浪靜的態勢是非常脆弱的，背後也不乏暗流湧動。中美關係作為全球最重要、最複雜、最敏感的雙邊關係，牽涉到從雙邊到地區再到全球的方方面面，其發展不能僅僅依靠兩國高層領導人的互動來維持和推動。“合作夥伴關係”的新定位，作為兩國關係發展的指導性原則，也需要實實在在的內容去填充和支撐；如果認為有了新定位就萬事大吉，中美關係很可能不進反退。更為重要的是，那些制約和破壞中美關係的“老問題”還沒有獲得實質性解決或管控，而新的問題又進一步凸現出來了：
一方面，“一見一售”（會見達賴、對台軍售）、“兩核問題”（伊核問題、朝核問題以及由此引發的半島問題）、“三海爭端”（黃海、南海、台海）這些曾經長期牽動中美關係發展以及在2010年成為中美博弈焦點的議題，未來有可能繼續干擾中美關係的穩定；
另一方面，中東亂局刺激奧巴馬政府在全球範圍內推行“民主化戰略”的衝動明顯抬頭，美推動“互聯網自由”及與“公民社會”對話並暗中針對中國的諸多舉措，引起中國方面的高度警覺；而美國對中國航母即將下水是否會“改變地區力量平衡”、中國引領“金磚國家”抱團發展是否會傷害美國利益等問題，也同樣心中無底。美國國務卿克林頓3月在參院作證時，憂心忡忡地稱美中“為爭奪全球影響力正展開直接競爭”；美國安會高官也抱著複雜的心態要求中國做“負責任的競爭者”。雙方這些新的疑慮和猜忌成為兩國關係的新問題，進一步增加了雙邊關係的複雜性。加之美國務院、國防部、國安會負責亞洲事務的高官及美駐華大使相繼易人，也給中美關係帶來更大不確定性。
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