針對於倉儲的稅費為何在重複徵收後達到這麼高，廣州物流協會秘書長張強在研究中發現高稅率推高了倉儲企業的稅費。從企業所得稅稅率來講，雖然分了三個等級，但倉儲企業多屬第三個等級，從2008年1月1日起，企業所得稅按 25%的最高稅率繳稅。此外，現行營業稅的稅目將物流業務劃分為運輸與服務兩大類：運輸類，其中裝卸、搬運執行運輸業的營業稅，稅率是3%，倉儲、配送、代理等執行的是服務業的營業稅，稅率是5%。不同環節的營業稅率不一致，給企業經營帶來了麻煩，也容易出現重複徵稅。因此，廣州物流協會秘書長
張強表示：“哪些占了是倉儲費用，哪些是運輸費用是很難說清楚的，因為物流是個組織活動，倉儲和運輸有效組織起來的一種經營活動，我們建議就統一成一種稅率。”
賀登才是中國物流與採購聯合會副會長，早在2009年，他就和相關專家在《中國物流業稅收管理研究》的調查報告中建議：統一物流業各環節業務營業稅適用稅率，倉儲等業務參照現行運輸業3%稅率徵收。而在倉儲業不合理的重複徵稅問題上，他認為主要納稅點在土地使用稅上。
中國物流與採購聯合會，中國物流學會副會長賀登才說：“07年1月份開始，平均土地使用稅增長兩倍，但有的地方根據地方的情況掌握，我們了解到的有的漲到9倍、15倍。”所以，賀登才建議，針對物流服務的社會公益性特點，應該與傳統房地產業和一般意義上的租賃服務業進行區分，降低現代物流企業土地使用稅稅率，建議按各地規定的30%徵收，或者以2005年稅率為基數，一定五年不變，以維持重資產型物流企業的正常經營。
中國物流與採購聯合會，中國物流學會副會長賀登才說：“盈利性好的企業，總的最後收入有一半或者一多半是要用來納稅的，如果說是這個企業經營狀況不太好的話，也就是出現虧損的，虧損的你也是照樣要交稅的，因為營業稅是你只要有營業，你就要交稅。”
劉隆亨是中國財稅法學研究會會長，北京大學稅法研究中心主任，長期從事財稅法的政策研究工作。他告訴記者，一個物流公司需要準備十幾種發票，物流業需要交納的稅種即多且亂，他認為核心在於物流行業至今沒一個精准的性質定位。
中國財稅法學研究會會長，北京大學稅法研究中心主任劉隆亨說：“還有更重要的物流行業定性沒有解決，要解決它的性質，他是個什麼性質，是個什麼定位，根據它的定位，根據它的性質我們確定它應該是什麼樣的稅收。”
(三)重複徵稅讓中國成為物流“低效率”國家
我們看到，在倉儲環節同樣存在著重複計稅的情況。多繳納的稅額要麼擠壓了物流企業的利潤，要麼引發連鎖反應最終推高了物價。專家告訴我們記者，出現這樣的結果是因為我國到現在為止還沒有對物流行業做出一個精准的定位，物流業稅種繁多而且混亂，重複計稅的現象比比皆是，這樣的局面讓物流業的聯合運輸不堪重負。
廣州番禺貨運碼頭，宏峰物流公司的總經理張晶林和船務總監黃毫生在監管從廣州運往海口的一批貨。那是一批近千噸的鋼材。雖然他們以1萬九千元的價格拿下了那個單子，但在轉包給碼頭的過程中，實際毛利潤只剩下216元，其中需要繳納的稅額是1345元，其中包含重複納稅657.35元，重複納稅額是利潤的3.04倍。廣州宏峰物流有限公司總經理張晶林說：“客戶其中在碼頭有一筆裝卸費用，這筆裝修費用碼頭已經是交了稅。”
這筆重複徵稅是怎樣產生的呢？財務經理劉錦東給記者拿出了這單貨的整套票據。從廣州到海口的整體運費是19902元，交稅是688.34元。貨物到達碼頭，物流公司就只能履行監管義務，把涉及碼頭搬運的項目外包給碼頭，但碼頭是獨立法人，所有在碼頭產生的搬運費用不能抵扣，還得再繳一次裝卸稅。
廣州宏峰物流有限公司財務總監劉錦東說：“分包出去，就是18998.2元，這就是碼頭分包出去的費用。”
廣州宏峰物流有限公司船務總監黃毫生表示：“碼頭裝卸費這個費用是我們無法抵扣的，就變成我開票給客戶結算的時候，我這部分拿回的成本抵不了稅，等於是碼頭這個裝卸稅已經交過了，(我們)還要再交一次。”
總包物流企業按19902的結算價交了688.34元的稅，分包碼頭按18998.2的承包價又交了657.35元的稅，雙方加起來等於是按38900元交了稅，多繳納的657,34元屬於重複繳稅。廣州宏峰物流有限公司財務總監劉錦東分析，重複計稅，加重了企業的運輸成本，自然會轉移到商品價格上去。而物流公司完成者單業務，的毛利潤只有216元，已算微利。
廣州宏峰物流有限公司財務總監劉錦東說：“碼頭的裝卸環節我們所實現的差價收入，鋼材19902.85元這個差價收入，扣掉我們分包出去的裝卸成本，這個差價就是904.65元，還要扣掉這個環節的稅費688.34元，所以說扣掉以後，這個環節所創造的毛利實際上就是216.31元。”
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