其一，如何處理蘇、謝共處的問題。目前，蔡邀請蘇出任競選總部主委、謝出任總指揮，但謝是否真如他自己宣稱的那樣“接受蘇的領導”還是未知。從2008年“大選”提名競爭至今年的黨內初選，謝、蘇之間的互鬥程度可用慘烈來形容。比如，此次初選中謝系先後拋出的“後悔選蘇言論”、“唯一支持”、“蔡媽媽事件”、“民調外洩風波”等明槍暗箭，使兩人的裂痕進一步加深。因此，蔡英文如何調和好蘇、謝的關係對其考驗不小。
其二，如何處理謝系、扁系、新系共處問題。蔡英文的競選團隊廣納謝系、扁系、新系等各路人馬，但其中新系與謝系對立嚴重，扁系與謝系也矛盾重重，各派系能夠和平共處也令人擔憂。尤其是在“立委”提名“僧多粥少”、“各派系搶破頭”的狀況下，蔡英文如何在派系間做到平衡，成為其重大挑戰。而目前爆發的台南“立委”初選王定宇、李俊毅之爭，蔡因無法擺平謝系與扁系間的爭鬥，最終被扁系大將陳唐山批為“沒能力管派系”，其黨內威信由此受到質疑。這場提名風波只不過是蔡英文派系處理難題的一個縮影，未來隨著不分區“立委”提名的日益緊迫，蔡英文將在派系平衡上面臨更大挑戰。
因此，對於這幾組黨內矛盾，蔡英文如處理失當，必使其中一方或數方不願全力輔選，甚至出現“出工不出力”情形，最終損失部分“樁腳”，導致基本盤不穩的問題。
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