另外一個重要且頗具爭議的基地就是普天間空軍基地。目前，普天間基地位於沖繩島中南部宜野灣市中心位置，面積約4.8平方公里，占整個宜野灣市面積的25%左右。作為駐日美軍最大的直升機機場，普天間空軍基地共有100多架直升機。特別是即將於2012年換裝的“魚鷹”運輸機，使其原有的140公里的投送半徑猛增到1000公里，極大地提高了駐島海軍陸戰隊的機動能力。但由於該基地位於市中心，飛機起降的噪音擾民，引發周邊日本民眾的多次抗議。
除了駐軍數量極為可觀以外，經過美國的長期經營，沖繩島上機場、港口、兵營、維修廠等各類設施一應俱全，甚至在基地內建有高爾夫球場和電影院供美國大兵消遣娛樂。強有力的支援和保障能力讓沖繩島成為美國西太平洋軍事行動中的重要中繼站，
可以看出，數萬美軍士兵的鮮血和幾十年的苦心經營造就了駐沖繩美軍基地極高的軍事價值，美國政府絕對不會因為當地居民的抗議和遊行，就輕易地捨棄自己多年經營的成果。
日本委曲求全的政策是美軍長期占有沖繩島軍事基地的內在因素
雖然沖繩島的居民和當地政府強烈要求日本中央政府將美軍普天間基地遷出沖繩島，日本全國上下反對美國駐軍日本的抗議也一浪高過一浪，但歷屆日本首相和內閣總是以國家安全為借口，認同美軍在沖繩島的軍事存在。日本政府之所以置國內輿論於不顧而委曲求全，與日本解除所謂“外部威脅”和發展日本軍力的企圖有著直接的關係。
首先，隨著東亞局勢日趨緊張和複雜，日本政府認為其國家安全面臨著三個方面的威脅：朝鮮、中國和俄羅斯。朝鮮是美、日、韓三國同盟的現實威脅；而中國和俄羅斯與日本都存在著領土和領海的爭議，兩國不斷提升的國力和強大的軍事力量是日本未來的潛在威脅。日本政府認為，當前，只有將日本的國家安全置於美國彈道導彈防禦體系和核武器的保護傘之下，才能保證日本的國家安全。
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