但是上述兩項建議歐盟都沒有采納，對此全球的航空公司都表示強烈抗議。航空公司表示，這相當於在他們遭遇燃油歷史高價和國內航班需求走弱時又增加了一個新負擔。
歐盟航空碳稅政策規定，所有在歐盟27國及周邊三國境內飛行和起降的航班均必須購買碳排放許可，以抵消飛機的碳排放。而碳排放權在市場中是有價商品。2012年，航空公司需要為其碳排放的15%買單，碳交易機制下的成本將隨之逐漸滲入到航空公司的運營成本中，但最後的支付期限一直延伸到2013年，到時將對不遵守該稅法的航空公司進行罰款。
與此同時，航空公司已經開始將增加的成本轉嫁給消費者。
美國航空、全美航空集團、達美航空公司和美國聯合航空公司已經對美國飛往歐盟的航班收取了額外的每架次3美元（約為18.9元人民幣）的費用。德國漢莎航空也表示乘客將不得不面對更高的票價。中國的航空公司則拒絕支付歐盟碳稅。
美國、中國、印度和其他國家已經公開指責歐盟，稱此項措施侵犯了他們的主權。他們敦促歐盟不應一意孤行，而應通過聯合國解決爭端。
世界上很多國家都在拭目以待美國如何應對，因為美國的航空產業發展成熟，而且與歐盟的商業和旅行聯繫緊密。
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