與此同時，有實力的社會資本，在鐵道部長期封閉、自成系統的核算體系之下，往往也望而卻步。
據接近鐵路系統高層的內部人士劉凱（化名）向記者透露，“數年前，某保險基金曾經要求給機會進入鐵路系統，然而到了雙方第三輪、第四輪談判的時候，該保險基金已經決定只做象徵性投入。”
的確，一個典型例證是，2006年，國家開始允許保險資金、養老基金、社保基金投資鐵路，可是在全長約1318公里，擬投資2209.4億元的京滬高速鐵路建設中，社保基金的出資卻只有100億元。
劉凱為鐵道部引見的另外一家美國基金，在與鐵道部高層溝通之後則直接表示，“鐵路系統的核算不嚴格、不科學、不標準，根本沒辦法算賬。”
劉凱甚至引述鐵道部總經濟師餘邦利幾年前的感嘆，“鐵道部每年近萬億元資本投下去，這是多少錢呵，但由於缺少市場化的投資主體，境外資本根本無法進入。”
事實上，這個市場化的投資主體，是沒有決策權的少數股東能夠獲得投資收益的有力保證。如果投資主體不能真正市場化，少數股東的投資收益就難於保證，這也正是社會資本進入鐵路體系的最大隱憂。
這意味著，如果不能在制度上做深入改革，因為外界的不了解和不信任，鐵路少數股權的項目融資，在對外談判上還會步履維艱。與此同時，鐵道部在吸引外部投資時，能否讓出控制權或決策權也正成為一個焦點問題。
對於社會資本來說，如果沒有決策權，投出的錢就相當於給決策者把玩；而讓出決策權，在鐵道系統則屬於傷筋動骨的事情。
顯然，在民資或者稱社會資本進入的方式上，鐵道部面臨兩個亟須解決的問題：第一：如何建立透明化、市場化的制度取信社會資本；第二，確定哪些領域可以放棄決策權、控制權，以吸引社會資本，以將主要資金聚焦於關鍵領域。
而這兩個問題的解決，直接關係到鐵道部的體制改革，同時也直指自身改革的方向民營資本進入的領域。
運營採用市場定價模式
按照中央確定的改革意向，將鐵路建設和經營分開，即鋪設鐵路仍由鐵道部來負責，而鐵路運營、車站建設以及機車部分則允許民營資本進入，以提升現有鐵路系統的運營效率。
中銀律師事務所張錚律師對此表示，“民營資本進來，運營會採用市場定價的模式，資源配置會更為合理，民營資本受到國家政策的扶持，運營會更為有效率。”
但是，即使是鐵路運營、車站建設及機車部分的向民資開放，也依然潛存著諸多的問題和障礙。
事實上，這種障礙，在幾年前就已經凸顯了出來。2005年7月，鐵道部出台了《關於鼓勵和引導非公有制經濟參與鐵路建設經營的實施意見》，鐵路建設、客貨運輸、運輸裝備製造與多元化經營四大領域向非公資本全面開放，同時制定了七條具體的扶持措施。
巧合的是，2004年，成立於1994年的中鐵建設開發中心正式更名為中國鐵路建設投資公司（簡稱中鐵投），並將主要業務鎖定在承擔鐵路項目股權融資。此後，“新36條”鼓勵民間資本參與鐵路幹線、鐵路支線、鐵路輪渡以及站場設施的建設，允許民間資本參股建設煤運通道、客運專線、城際軌道交通等項目；探索建立鐵路產業投資基金，積極支持鐵路企業加快股改上市，拓寬民間資本進入鐵路建設領域的渠道和途徑。
然而，實際情況卻是，只有那些滿足自身的鐵路運輸需求而自行投資建設的鐵路，以及因為“有關係”而承包到一些支線的公司獲得了不錯的盈利之外，其他項目的盈利能力仍有待觀察。
劉凱告訴記者，“鐵路運營，核算是一個大的問題，因為直接關係到能否贏利。在當前的鐵路管理體制下，運營被分割成很多條塊，比如機車段負責車頭，客運段負責車上的服務，電務段只負責用電問題，車輛段只管車輛的維護，車站又只管站內的事情，他們既獨立核算，又以路局為單位進行核算，在核算體系上就不清楚。”
“舉例來說，火車頭這一塊的利潤，往往跟部裡所發放的油資的標準有關，發的多，節省下來的就多，利潤也就多。”
在劉凱看來，即使鐵路向民資放開運營，有些環節也是不能開放的，比如車務、供電、車輛，以及調度等。
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