問題出在藥品採購配送環節上。
2009年6月，子長縣把所有公立醫院的用藥進行了集中採購、統一配送，選擇了一家國有醫藥企業負責全縣縣、鄉、村三級醫療衛生機構的藥品配送。結果，藥費降低了40%。
子長縣人大常委會副主任、縣醫改辦主任靳曉宏告訴記者，改革前，子長縣人民醫院每年藥品收入達到1800萬元；改革後的第一年，這一數字只有1000萬元。
2011年，子長縣人民醫院門診患者增加15.8%，費用降低了37.5%，住院人數增加31.5%，費用降低31.8%。闌尾手術的日均費用從改革前的400元下降到200元；膽結石患者的手術費從5000多元降至不到3000元。
2007年，子長縣人民醫院藥品收入占業務收入的比例為56.2%。2011年，這一比例下降為38%。
這樣的改革自然帶來爭議。
“那段時間，幾乎每天晚上我都要跟醫生談心，讓他們理解縣裡的改革。”子長縣人民醫院院長吳建軍說。沒有了藥品提成，醫生的收入下降，改革遇到阻力。
不過，如果不算開大處方、藥品提成的收入，子長縣人民醫院醫務人員的工資還是有了不小的增長。靳曉宏拿出的數據顯示，改革前，縣人民醫院醫務人員的平均工資為2.9萬元/年，改革後，平均工資達到6萬元/年，縣中醫院的平均工資達到5萬元/年，鄉鎮衛生院的平均工資達到4.5萬元/年。醫務人員的工資水平比縣裡公務員、事業單位工作人員高33%。
子長縣中醫院副院長馬志偉告訴記者，改革前，財政只負擔醫院工資的60%～70%，剩下的要靠自己掙。
在子長縣的醫改中，醫務人員的工資納入了全額財政預算，醫院原有的債務被剝離，醫院基礎建設、購買設備也由政府出資。縣政府除了投入5700萬元為縣人民醫院建設新大樓外，還將為該縣中醫院選址進行建設。截至目前，子長縣已經建成疾控中心綜合大樓並配備儀器設備48台件，建成6個甲級鄉鎮衛生院、9個乙級鄉鎮衛生院和300個規範化村衛生室。
在子長縣政府看來，這是讓醫院回歸公益的做法，但也有聲音認為，子長縣的這種做法是政府大包大攬、回歸計劃經濟，單靠財政投入無法真正解決醫改問題。
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