持反對意見的學者則認為，上海合作組織之所以會取得今天的成就，原因就在於成員國數量相對較少，協調起來比較容易達成一致意見。如果貿然擴容，納入新成員國，會不會將新成員國之間的恩怨帶進上海合作組織還未為可知。尤其是印度和巴基斯坦一直希望加入上海合作組織，而印巴之間積怨甚深，因此，雖然俄羅斯一直對印度加入上海合作組織持積極態度，但目前尚未有印度加入上海合作組織的消息出現。而巴基斯坦雖然也一直請求加入上海合作組織，但與之關係密切的中國也並未答應巴基斯坦的請求。
在擴充上海合作組織職能方面，持反對意見的學者認為，上海合作組織作為中國歷經數年樹立起來的品牌，目前其自身承擔的功能仍有限，貿然擴充職能是否會將上海合作組織的核心職能弱化，使上海合作組織成為一個鬆散的組織也還是未知數。
2012年6月，上海合作組織成員國元首理事會第十二次會議在北京舉行，會議出台《上海合作組織中期發展戰略規劃》。該規劃強調，上合組織今後的優先任務仍然是保障地區安全穩定，同時繼續推動地區經濟全面平衡增長和社會文化發展。這表明上海合作組織對於擴充職能仍持謹慎態度。該規劃還強調，繼續落實上合組織開放性原則，以接納承諾遵守《上海合作組織憲章》宗旨和原則及本組織的其他國際條約法律文件的本地區其他國家為成員國。在協商一致原則基礎上，商談接納具體候選國為新成員問題及接納的法律、財務和行政條件。
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