第二，首次搭載科學家下潛。通過報名、選拔、培訓，有14名科學家通過考核，具備了下潛條件，處於安全考慮，本航次每次下潛基本配置是2名潛航員搭載1名科學家。科學家主要任務是水下觀測，協助潛航員完成近底作業。
第三，第一航段有22個單位的人員參加，組織難度大。第四，時間跨度長，需要克服天氣的不利因素。6月至7月，南海颱風天氣多發，第三航段到東北太平洋是9月份，天氣變化對下潛也是考驗。
在申請下潛的科學家中有一位來自香港，他是香港浸會大學生物系副教授邱建文，主要研究海洋生物多樣性和漁業資源保護。他告訴記者：“此前我們的研究樣本都來自香港附近海域，是潛水員下去取的，從來沒有機會獲得深海的生物樣本，這對我來說是一次非常難得的機會。”
中國科學院海洋研究所研究員李新正主要研究海洋底棲生物群落，他說：“我們之前取樣都靠採泥器，鬍子眉毛一把抓，不管是什麼下去抓一塊海底底泥上來再提取生物樣本。有了‘蛟龍’號就有條件精確取樣，對海底生物為何能耐高壓和低溫進行研究，分析它們的基因特點。”
申請下潛的科學家在無錫接受了一個星期的培訓，包括理論培訓和實踐下潛，由潛航員分別帶他們在水池進行下潛。
劉峰表示，雖然這些科學家都進行了下潛培訓，但是將來是不是能讓他們下潛還要看現場情況。
由於中國第二批潛航員招募正在籌備中，因此首個試驗性應用航次依然由首批兩名潛航員唐嘉陵、付文韜和主任設計師葉聰負責駕駛潛器。
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