在普通市民眼裡，倪發科大刀闊斧，將六安從一個老區改造成光鮮亮麗的現代城市，這本身亦是改革趨勢。但熟知他的人士認為，倪過於“獨斷專行”，甚至“膽大妄為”，裙帶關係涉嫌漁利其間，並輕視弱勢群體利益。據《財經》記者了解，遲至2008年起，安徽不同系統的各級老幹部，分別向包括中央紀委在內的紀檢部門舉報倪的各種問題。在此過程中，這些老幹部逐漸形成合力，對相關材料進行了系統地搜集整理。
在2013年1月28日舉行的安徽省十二屆人大一次會議上，54歲的倪未獲連任。3月27日上午，處於賦閑狀態的倪發科在省科技廳與合肥市領導陪同下，赴合肥公共安全技術研究院等單位調研。這是他最近一次出現在公眾視野中。
此前十年間，安徽有三名省級官員被判處死刑及死緩——2004年2月12日，原副省長王懷忠被執行死刑；2007年1月12日，原政協副主席王昭耀被判處死緩；2007年12月25日，原副省長何閩旭被判處死緩。三人的共同罪名之一是受賄，且主要犯罪事實均是擔任地級市委書記期間。
皖西賓館地塊懸疑
從蕪湖調任六安後，倪發科居住於皖西賓館的二號樓，後搬至市煙草局賓館內。皖西賓館於市中心繁華地帶獨辟幽境，院內綠茵濃鬱、桂梅成園，為市政府下屬專事黨政軍接待的賓館。
由於賓館設施多有接待任務，賓館方面將門前一幢條件較次的三層小樓對外開放。但倪發科來後不久即下令將其拆除，導致賓館喪失重要收入來源，陷於困境。2000年底，一名市委副秘書長出任賓館總經理，於2003年將賓館出售。接盤者為當地國有上市企業安徽長江農業裝備股份有限公司（600496.SH，現在已更名，下稱長江股份），以3600萬元承債式收購。
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