除了兩岸關係要不斷克難前行，兩岸已有的合作協議也亟待鞏固落實，化為兩岸和平發展的實在利基。包括兩岸投保協議如何進一步發揮功能、兩岸雙向投資如何進一步開放准入、兩岸簽署的服務貿易協議能否在台“立法院”順利通過等等。
馬英九身兼“總統”與執政黨主席，必須要進一步整合黨政資源，將國民黨“全面執政”的優勢化為推動兩岸和平發展的勝勢，只有這樣，才能保證兩岸關係既有成果不斷鞏固，同時在兩岸和平發展上不斷開疆拓土，讓兩岸關係不斷邁上更高的層次和水平，確保海峽兩岸永續和平、穩定和發展，這也是馬英九實現其個人較高歷史定位的關鍵所在。
第二，要進一步加強內政改革，加快台灣經濟社會發展，改善民生，這是馬當局未來施政的重點亦是難點。
馬英九執政五年多來，民調不斷走低，甚至跌破二成，這其中最為主要的原因就是台灣內政改革不利，經濟發展遲遲看不到成效，民生沒有明顯改善，民眾始終“無感”。
這一方面當然是緣於台灣經濟屬於典型的外向型出口經濟，而世界經濟持續低迷，受到外部經濟環境的不利影響，台灣的經濟始終無法走出低谷。然而，在外部環境不利的情況下，台灣內部經濟改革也出現了一系列問題，這些問題在很大程度上是由決策不利，施政無方所導致，更為台灣經濟雪上加霜。
包括馬當局去年推出的證所稅改革、油電價格雙漲等經濟改革，也包括年金改革、核四停建公投、兩岸服務貿易協議等議題。經濟及內政改革問題的出現，不僅給馬英九的民調帶來重大影響，更直接影響到台灣經濟社會提振發展的整體步伐。而馬當局在改革中暴露出的施政力不足、政策溝通不利、部會協調不夠等一系列缺失，都是需要馬英九及時檢討和彌補的地方。此外，在施政中面對在野黨的杯葛與阻撓，如何堅持正確的施政方針，如何加強政黨及民意溝通，也對馬當局形成重大考驗。
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