中評社香港9月16日電/9月的北京,終於迎來了秋高氣爽的好天氣。這幾天,中科院微生物所博士生楊犀的心情,正如這愜意的天氣一樣,變得明亮起來。
兩年多來,每天走進實驗室,他要面對計算機屏幕上成千上萬個腸道微生物不同基因的組合條碼,分辨其不同之處,並提取相同的點位。這一度讓他和師兄胡永飛以及導師朱寶利煩悶之極。
直到剛剛過去的8月底,枯燥的組合字母終於放射出喜悅的光芒。他們在國際上首次鑒別出人體腸道中的1093個耐藥基因,研究成果在《自然—通訊》雜誌上發表(論文摘要)。
驅散耐藥迷霧
“人體腸道中栖息著種類繁多的微生物,其數量超過人體自身細胞的10倍以上。這些微生物的基因組蘊含著大量的遺傳信息,被學術界稱為‘人體的第二個基因組’。但這些基因組作為耐藥基因的‘儲存庫’並未明晰,因而成為我們努力的方向。”朱寶利回憶說,很快他們便得到了國家自然科學基金委和北京市科委的支持。
胡永飛是朱寶利的助理研究員。他告訴記者,兩年前,為了弄清人體腸道微生物的耐藥基因,課題組與華大基因合作,獲得了丹麥、西班牙和中國162位健康人的腸道微生物的元基因組。據此,課題組首先建立了一個含有400萬個人體腸道微生物基因的數據集。
作為朱寶利的博士生,楊犀走進實驗室的第一項任務就是,在胡永飛的指導下從該數據集中鑒別耐藥基因。
“兩年多來,我們的很多精力都用在鑒定方法的研究和確保方法的正確上。從海量的基因數據庫中摸索一套可靠的鑒定方法,成為擺在我們面前的最大難題。”胡永飛說。
當他們在國際上首次鑒別出了1093個耐藥基因的圖譜後,又將其分成149個不同的耐藥基因型,進行深入分析。研究發現,中國人腸道中含有70個耐藥基因型,丹麥人45個,西班牙人49個。
隨後,課題組在對耐藥基因單核苷酸多態性進行分析後認為,中國人腸道耐藥基因之所以不同于丹麥人和西班牙人,一方面是因為後兩者同屬歐洲國家人口,差異可能產生於腸道內細菌群的不同;另一方面,可能因不同地域抗生素使用不同所致。
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