巡回法庭將實行主審法官、合議庭辦案責任制。巡回法庭實行扁平化管理，不設固定合議庭和固定審判長。巡回法庭還實行辦案質量終身負責制和錯案責任倒查問責制，完善防止內部人員干擾辦案的機制，強化防範司法腐敗的機制。
此外，巡回法庭還設有專職廉政監察員，負責巡回法庭的日常廉政監督工作。除了3名庭長之外，廉政監察員也是黨組領導班子成員。
而為了防止與地方形成利益關係，巡回法庭主審法官由最高人民法院選派，每兩年輪換一次。據《北京青年報》報道，最高法在設立巡回法庭之前曾徵求中紀委等部門意見。
根據部署，巡回法庭將審理或辦理巡回區內，應當由最高法受理的數類案件，包括：依法由最高人民法院第一審的案件；不服高級人民法院作出的第一審行政或者民商事判決、裁定提起上訴的案件﹔對高級人民法院作出的已經發生法律效力的行政或者民商事判決、裁定申請再審的案件；刑事申訴案件；依法定職權提起再審的案件；以及涉及程序性事項的案件、涉港澳台民商事案件和司法協助案件。
此外，為了落實中央就地化解矛盾糾紛的要求，巡回法庭依法辦理巡回區內向最高人民法院提出的來信來訪事項。
為何第一巡回法庭會設在深圳呢？孫軍工說，主要是考慮到廣東的經濟發展速度比較快，案件數量比較多，臨近港澳地區，案件類型多樣，為了更好地統一法律適用標準，因此將第一巡回法庭設立在這裡。
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