此前，林建華任教務長多年，推動了北大本科教育改革。主導教授上講台，改變高校重科研、輕教學的傾向，在全國率先嘗試建立本科一年級學生的顧問老師制度，開啟中國大學一年級新生教育新舉措的先河。值得一提的是，2012年教育部公布全國高校一級學科評估結果，北大以16個一級學科排名全國第一或並列第一而引人注目。因為學科建設很難立竿見影，北大取得如此佳績，其中自有8年主管學科教學工作的常務副校長林建華的一份汗水。
作為許智宏、周其鳳兩任校長的得力助手，林建華操盤北大包括人事制度在內的多項重要改革。林建華還熟悉人文社會科學各學科，這在北大尤為重要，兼善理工和人文社科，以免學科隔閡造成不解甚至誤解，林建華是少數有經驗的校領導之一。
2010年12月，林建華赴重慶大學任校長，走到獨立領導高校改革的前台。他的改革遭到了一些人的批評和誤解，對此，他淡然回應：“重慶大學人事改革主要針對嚴重的近親繁殖，雖然觸及既有格局，但改革整體上惠及師生良多。” |
