根據《辦法》，符合《國家農產品質量安全縣考核辦法》要求的，縣級人民政府可向省級農業行政主管部門提出申請。相關單位可組織專家或者第三方機構，對提出申請的縣從工作考核、質量安全水平監測、群眾滿意度測評三個方面開展考核。經審定，最終由農業部命名為“國家農產品質量安全縣”。
此外，農業部要求建立“定期考核、動態管理”的工作機制，對獲得“國家農產品質量安全縣”稱號的，不定期開展監督檢查，每2－3年開展一次考核。同時，設立舉報電話，鼓勵公眾監督。
若質量安全縣有下列情形之一的，農業部撤銷其“國家農產品質量安全縣”稱號。
（一）發生Ⅰ級、Ⅱ級農產品質量安全事件的；
（二）群眾舉報或媒體曝光問題突出，經核實後確實存在嚴重質量安全隱患或造成嚴重影響的；
（三）定期考核總分值未達到80分的（滿分為100分）；
（四）限期整改後質量安全水平仍未達到98%的；
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