巡防艦上48組垂直發射箱，依作戰任務不同，將天劍二與天弓三兩款艦空導彈與增程型垂直發射反潛火箭作混合搭配。推測可分配12組垂直發射箱裝載四十八枚劍二艦空導彈，24組垂直發射箱攜帶24枚天弓三艦空導彈，另外的12組垂直發射箱裝載增程的反潛火箭（VLA－ER）。近迫防衛則由前後兩套中科院“海箭羚近程導彈防禦系統”擔綱。
反艦導彈估計至少可攜帶16枚導彈，由雄風二反艦導彈、雄風三超音速反艦導彈及雄二E－ER攻陸巡航導彈，依任務需求混合配置。對於一艘二千噸（滿載近三千噸）的巡防艦來說，防空、反潛、反艦與對地打擊火力都可數世界一流。
由於穿浪三體船有著寬敞的甲板及船艙，機庫內可以停放兩架直升機，可依任務需要裝載反潛直升機執行反潛；停放無人直升機執行海域戰情偵搜與超視距打擊的中繼；此外也可攜帶類似以色列的哈比反輻射無人攻擊機，對於敵方艦載雷達進行壓制。支援特種作戰任務時，亦可搭載突擊直升機對敵進行空降突擊。
報道稱，由於南海局勢升溫，為因應南海的變局，台海軍代號“弘運計劃”所規劃的兩艘兩萬噸級多功能兩棲突擊母艦，已經確定採用全通式甲板設計，可以讓5架直升機同時進行起降作業，依任務需求不同，可搭載MH－60R反潛直升機、AH－1W超級眼鏡蛇或AH－64D長弓阿帕奇攻擊直升機、UH－60M黑鷹運輸直升機，或CH－47SD奇努克重型運輸直升機。
兩棲突擊母艦的共同特征就是艦上有長方形全通式飛行甲板，艦身內有裝載登陸載具的船塢，登陸載具由艦尾的大型閘門進出，可以搭載LACA高速氣墊船。集合了兩棲突擊艦、船塢登陸艦、兩棲運輸艦、災害救難船的功能於一身，適於在全球任何水域作業，配合磐石多功能運輸艦的醫療與運輸能量，未來台灣海軍在東海及南海將能扮演更積極的角色。
報道稱，台軍規劃的兩棲突擊母艦采全通式甲板，其實就是一艘直升機母艦。直升機母艦除上述的功能外，還可以擔任反潛作戰的平台。檢視日本出雲號直升機驅逐艦，設計可搭載14架直升機，其中一半以上是負責反潛作戰。未來還規劃部署F－35垂直起降戰機在出雲號上，可擔任艦隊防空的任務，儼然是一艘輕型航母。所以台軍未來如果購入AV－8Ⅱ海鷂式戰鬥機，甚至F－35垂直起降戰鬥機，兩棲突擊母艦也可以作些許改裝，成為一艘輕型航母，擔負艦隊防空任務。未來台灣海軍將可由兩棲突擊母艦領軍，搭配兩艘神盾驅逐艦、四艘三船體導彈巡防艦和一艘潛艇，組成兩支“夢幻的航母特遣艦隊”。
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