至於民進黨“立委”與本土社團質疑馬英九在六月一日才提出申請於十五日赴港，提出申請的時間太晚，因為依照“國家機密保護法施行細則”，被列管的機密人員必須在二十天前向原機關提出申請。
府方解釋，各機關涉及機密層級與範圍不同，對出境申請提出時間規定也不一，二十天雖是施行細則的規定，但此屬法規技術層面，“在建立制度上，對於提出申請天數，並不會馬上處理、不是這麼有急迫性”，府方是希望把審查制度建立起來，下一次申請就能採用，但“建立完整制度，需要時間來準備”。
“總統府”表示，蔡英文已指示秘書長林碧炤、“國安會秘書長”吳釗燮共同召集專案小組，針對本案進行審慎評估。
專案小組將會參考各機關意見，針對“國家”機密保護法施行細則所規範申請人涉密與守密程度，和申請人出訪地點的維安風險評估等相關因素，審慎衡酌。 |
