二是“官本位”現象嚴重。我國現有智庫大部分是隸屬政府的事業單位，存在著機關化、行政化等問題。一些智庫組織鬆散、創新意識淡薄，競爭活力不強等問題比較突出。咨詢研究盯著上頭、忽視一線，聯繫實際、挖掘短板不夠，難以為政府及社會提供不同形式、高質量的公共服務產品。由於經費多是依靠主管部門獲取委托課題的資助，托課題表面上以招標形式進行，但在申報中卻以各種限制條件將有競爭者排除在外；或者即便給予競爭資格，在評審中也存在諸多暗箱操作問題。這些現象，既不利於智庫的整體建設發展，也不利於催生富有創新價值的研究成果。
三是人才政策弱化。新型智庫是出思想、出成果、出人才的重要領域。但智庫建設缺少對研究人員的激勵機制和咨詢效果評估，年度考核以領導批示、論文數量為本，因而疲於應付，少有深刻洞見的思想及獨到見解。由於缺少跨界、跨域、跨學科的研究合作，研究人員缺乏適度的競爭性、流動性，包容開放程度不高，一些智庫面臨“引進人才難、留住人才難”的問題；在政府信息獲得、人才引進、職稱評定、政府購買服務、稅收優惠等多方面，智庫亟待改革的體制機制問題較多。尤其社會智庫難以享受與體制內智庫一視同仁的政策及參與建言立論的渠道，在競爭中往往處於劣勢。
四是經費普遍不足。官方智庫經費一般來源於財政撥款，研究課題由政府相關部門立項等，研究成果往往容易受其所委托的部門利益和部門領導意志所左右。而可以實施客觀研究的社會智庫普遍缺乏支撐自身可持續發展的多元化經費籌措渠道。有關資料顯示，一些研究機構，其經費來源中來自主管單位的資金只占2%，委托課題費用占27%。美國智庫發展經費則主要來源於政府委托課題資助和社會捐贈；德國智庫發展80%以上依靠政府全額資助。而我國多數智庫經費除了人頭費、一般活動經費，用於科研的實際經費的比例偏低。
新型智庫建設與建立科學決策機制有密切的關係。只有將智庫建設納入創新驅動、轉型發展之路，構建充滿活力、科學有效的決策體制機制，才能打破慣性、突破瓶頸，克服滯後發展路徑依賴，全面解決智庫建設發展中亟待解決的問題。
推進新型智庫建設，要秉持“學科交叉、行業跨界、個性混搭、多元協調”理念，摒棄“唯我獨尊”“自以為是”的“官本位”思維。借助智庫創新示範平台，充分發揮人才體制機製作用，促進智庫要素優勢互補，組織跨體制、跨部門、跨學科研究，形成縱橫一體、鏈接聚合體系。為此，要加快智庫體制改革，跳出獨門大院的“一畝三分地”，構建鏈接發展機制、暢通成果轉化機制、完善激勵評價機制、健全協同研究機制。通過健全資源融通、系統創新的機制，不斷釋放智庫的制度創新優勢，讓新型智庫在決策咨詢及社會實踐中得到最大的能量發揮。
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