超聲速反艦導彈的優點非常突出，具有制導精度高、突防能力強、破壞威力大等特點。但是其速度這把“雙刃劍”導致超聲速反艦導彈一問世便“先天不足”。它的體積和質量大，攜載不便，紅外、雷達特征典型，被對方觀察系統發現的距離較遠。另外，它的制導系統反應時間短，易受對方軟對抗措施影響。當然，它的成本高，主要是源於材料的特殊性和巨大的燃料消耗，以及生產技術要求高帶來的生產成本高。有研究表明，超聲速反艦導彈的耗費要比亞聲速反艦導彈高1.5倍。
而亞聲速反艦導彈則存在速度慢、突防能力弱、對敵方艦船的破壞性差等“痼疾”。
隨著各國反導技術的發展，特別是硬對抗措施的巨大發展，各型反導艦炮、中近程反導導彈對亞聲速反艦導彈已經具有良好的攔截能力。但是亞聲速反艦導彈之所以仍受到美歐各國的青睞，則是和其與生俱來的先天優勢分不開。亞聲速反艦導彈具有質量輕、成本低、紅外信號特征低、抗干擾能力強，易實現多枚導彈同時攻擊同一目標以及再攻擊能力等優點。
揚長避短，齊頭並進
目前，由於受導彈動力技術和隱身技術水平的限制，新型反艦導彈技術的發展路線還存在亞聲速高隱身和超聲速大機動兩個發展方向的爭論。因此，各國都在不遺餘力地進行技術突進，力圖揚長避短。
亞聲速反艦導彈將著力加強超低空、超隱身設計，提高低空突防能力。超聲速導彈則側重於超高速、大機動、遠程高彈道設計，甚至發展彈道導彈作為反艦導彈。
為了克服超高速與隱身的矛盾，反艦導彈還可在中段採取高亞聲速超低空掠海飛行、末段採取超聲速機動突防，如俄羅斯俱樂部反艦導彈就是這樣的設計思路，這也是目前反艦導彈發展的一個重要方向。
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