2004年，捷克與斯洛伐克在分離12年後會合於歐盟和北約。隨著2007年12月兩國同時加入《申根協定》，在共同邊境上的護照檢查取消，兩國公民可以完全自由地出入邊境。生活和教育水平相對較低的斯洛伐克人優先選擇去捷克學習、工作和定居，他們在那裡享受幾乎與捷克人同等的待遇。如今大約有20萬斯洛伐克人生活在捷克，大約有3萬捷克人生活在斯洛伐克。
一個有趣的現象是，斯洛伐克裔捷克人甚至斯洛伐克人可以在捷克擔任重要職務，比如安德烈·巴比什在2017—2021年擔任捷克總理，古斯塔夫·斯萊梅奇卡在沒有捷克公民身份的情況下在2009—2010年擔任捷克交通部部長。
在經濟方面，捷克與斯洛伐克是重要的經貿合作夥伴。2022年，斯洛伐克是捷克第二大出口目的國和第四大進口來源國；捷克則是斯洛伐克在歐盟框架內僅次於德國的第二大貿易夥伴。捷克還是斯洛伐克第三大投資來源國。在軍事方面，兩國簽署了《領空相互保護合作條約》，允許一國的軍用飛機保護另一國的領空。
在捷克與斯洛伐克獨立30周年之際，時任斯洛伐克總理的愛德華·黑格爾曾表示：“我們在走上獨立道路後再次在歐盟相遇，作為夥伴的我們具有強烈的兄弟情懷，既可以向其他國家展示團結合作，也能對它們產生積極影響。”據近年來多次民調結果，捷斯兩國民眾都將對方視為世界上最親近和最值得信任的民族。
你的“橡樹” 我的“威脅”
在19世紀初捷克與斯洛伐克民族復興運動中，出現了泛斯拉夫主義思潮，強調捷克人和斯洛伐克人屬於大的斯拉夫民族共同體。俄羅斯是最強大的斯拉夫民族，同時也是唯一獨立的斯拉夫國家，當時被認為是“斯拉夫橡樹”——可以保護捷克人和斯洛伐克人分別抵禦哈布斯堡王朝內的德意志化壓力和匈牙利化壓力。不久之後，捷克又出現了新的斯拉夫主義——奧地利斯拉夫主義，只限於與哈布斯堡王朝框架下的斯拉夫民族合作以提高民族地位。
斯拉夫主義最終沒能在捷克轉化為與俄羅斯的實質性政治聯繫，但在斯洛伐克產生的親俄情結得以延續，這主要緣於盧德維特·什圖爾對斯洛伐克民族語言和文化認同發揮的重要影響力。什圖爾是斯洛伐克書面語的規範者，斯洛伐克民族復興運動最著名的領導人，在1856年去世前完成了著作《斯拉夫主義與未來世界》，書中這樣寫道：“對於所有在19世紀沒有獨立國家地位的斯拉夫人（包括斯洛伐克人）來說，最佳且唯一有意義的選擇是與俄國在語言、文化和宗教上統一。”
此外，社會主義時期給捷克人與斯洛伐克人留下的歷史記憶也迥然不同。在第一次世界大戰以前，捷克地區的工業化與城市化進程已經達到很高水平。在社會主義時期，捷克斯洛伐克逐漸從歐洲工業最發達國家之一向發展中國家行列靠攏，經濟衰退和生活水平下降對捷克人造成極大消極影響。1968年8月華約軍隊武力終止“布拉格之春”改革進程，蘇軍隨後長期占領捷克斯洛伐克。1968至1989年“正常化”時期開展的大規模政治清洗，更在捷克民族意識中留下深刻印記，對蘇聯（俄羅斯）的不信任感以及認為蘇聯取代德國成為最大安全威脅的看法，從此在不少捷克人心中根深蒂固。
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