1994年9月，吳邦國同志在中共十四屆四中全會上增補為中央書記處書記。1995年3月，任國務院副總理。其間，兼任國務院三峽工程建設委員會副主任、中央大型企業工委書記、中央企業工委書記等。他堅持社會主義市場經濟改革方向，正確處理改革發展穩定的關係，推動國有大中型企業改革和脫困三年目標如期基本實現，加快現代企業制度建設，從戰略上調整國有經濟布局和改組國有企業，加強再就業工作和社會保障體系建設，為深化國有企業改革做了大量卓有成效的工作。他高度重視基礎設施建設，大力推進三峽工程和鐵路、公路、港口、郵電通信建設，集中力量建成一批關係全局的重大基礎設施項目，切實增強我國經濟發展後勁。
2002年11月，吳邦國同志在中共十六屆一中全會上當選為中央政治局委員、常委。2003年3月，在十屆全國人大一次會議上，他當選為全國人民代表大會常務委員會委員長，同月任全國人大常委會黨組書記。2007年10月，他在中共十七屆一中全會上再次當選為中央政治局委員、常委。2008年3月，在十一屆全國人大一次會議上，他再次當選為全國人民代表大會常務委員會委員長，同月任全國人大常委會黨組書記。他認真貫徹落實黨中央決策部署，堅持正確政治方向，依法履行職責，不斷增強工作實效，進一步豐富和發展人民代表大會制度的理論和實踐，為發展社會主義民主、健全社會主義法製作出重要貢獻。
吳邦國同志是中國特色社會主義民主法治建設的重要領導者。在黨中央領導下，他將立法工作作為全國人大及其常委會的首要任務，堅持科學立法、民主立法，適應新形勢制定修改相關法律，集中開展法律清理工作。他擔任中央憲法修改小組組長，組織起草了憲法修正案草案，並由十屆全國人大二次會議通過。他主持制定修改反分裂國家法、物權法等一系列對中國特色社會主義事業發展具有重大影響的法律，為推動形成中國特色社會主義法律體系作出重要貢獻。他強調中國特色社會主義法律體系是動態的、開放的、發展的，必須隨著中國特色社會主義實踐的發展而發展。他強調人大工作必須堅持黨的領導。人大各項工作都要有利於加強和改善黨的領導，有利於鞏固黨的執政地位。這一點在任何時候都不能動搖。他堅持在新的起點上繼續加強和改進立法工作，探索開展立法後評估，不斷提高立法質量，推動憲法和法律有效實施。他高度重視人大監督工作，明確提出“圍繞中心、突出重點、講求實效”的監督工作思路，完善監督工作方式方法，有力推動了黨中央重大決策部署貫徹落實。他高度重視人大對外交往工作，堅持人大對外交往服從服務於國家外交大局，注重發揮人大對外交往的特點和優勢，全面加強與各國議會及多邊議會組織的友好關係，推動形成人大對外交往新局面。他十分重視發揮人大代表作用，領導研究制定關於進一步發揮全國人大代表作用、加強全國人大常委會制度建設的若干意見，支持和保障代表依法履職，進一步推進代表工作制度化，更好發揮代表參與管理國家事務作用。他強調要加強人大及其常委會自身建設，發揮專門委員會作用，加強法制宣傳教育，不斷提升依法履職能力和水平。
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